5f2f

Crystal structure of para-biphenyl-2-methyl-3', 5' di-methyl amide mannoside bound to FimH lectin domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein FimH

Escherichia coli J96

UniProt P08191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–179 片段:lectin domain (UNP residues 22-179) 5U7 5-[4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-methyl-phenyl]-~{N}1,~{N}3-dimethyl-benzene-1,3-dicarboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.8;291 K;0.2 M AmSO4, 20% PEG3350 分辨率 1.67 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMH_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–158; UniProt 22–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5f2f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5f2f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5f2f
沉积日期 deposition_date2015-12-01
结构标题 titleCrystal structure of para-biphenyl-2-methyl-3', 5' di-methyl amide mannoside bound to FimH lectin domain
关键词 keywordslectin, mannoside, immunoglobulin fold, carbohydrate binding protein, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.52
零角强度 I(0) i05641590.00
分子量 molecular_weight17539.0 kDa
排除体积 excluded_volume22056 ų
包络体积 envelope_volume24204 ų
水化壳体积 shell_volume13204 ų
包络直径 envelope_diameter65.0
壳层 Rg shell_rg21.53
包络 Rg envelope_rg16.88
形状 Rg shape_rg16.51
总 Rg total_rg17.43
总原子数 total_atoms2433
残基数 n_residues158
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.9
Rg (实空间) rg_real17.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real5.6420e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5450e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5642000.0000
解质量估计 total_estimate0.7489
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.2
偏度 Skewness skewness0.525
峰度 Kurtosis kurtosis0.021
角度范围 angular_range— – 0.4550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1345000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.644; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.805; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5f2fa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5f2fA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)