SAXSdb — 5f6k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Histone-lysine N-methyltransferase 2C × 2 （Q8NEZ4） Retinoblastoma-binding protein 5 × 2 （Q15291） peptide ARTKQTARK × 1 ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone-lysine N-methyltransferase 2C × 1 （Q8NEZ4） Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 （Q15291） ZINC ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase 2C × 1 （Q8NEZ4） Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 （Q15291） peptide ARTKQTARK × 1 ZINC ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASH2L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–118； UniProt 380–496 作者链 A； PDB构建体 125–184； UniProt 539–598 作者链 B； PDB构建体 2–118； UniProt 380–496 作者链 B； PDB构建体 125–184； UniProt 539–598

Histone-lysine N-methyltransferase 2C

Homo sapiens

UniProt Q8NEZ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 2 （Q9UBL3） Retinoblastoma-binding protein 5 × 2 （Q15291） peptide ARTKQTARK × 1 ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 （Q9UBL3） Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 （Q15291） ZINC ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 （Q9UBL3） Retinoblastoma-binding protein 5 × 1 （Q15291） peptide ARTKQTARK × 1 ZINC ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KMT2C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–159； UniProt 4757–4911 作者链 E； PDB构建体 5–159； UniProt 4757–4911

Retinoblastoma-binding protein 5

Homo sapiens

UniProt Q15291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 2 （Q9UBL3） Histone-lysine N-methyltransferase 2C × 2 （Q8NEZ4） peptide ARTKQTARK × 1 ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 （Q9UBL3） Histone-lysine N-methyltransferase 2C × 1 （Q8NEZ4） ZINC ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 × 1 （Q9UBL3） Histone-lysine N-methyltransferase 2C × 1 （Q8NEZ4） peptide ARTKQTARK × 1 ZINC ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBBP5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–27； UniProt 330–356 作者链 F； PDB构建体 1–27； UniProt 330–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5f6k
沉积日期 deposition_date	2015-12-06
结构标题 title	Crystal structure of the MLL3-Ash2L-RbBP5 complex
关键词 keywords	histone methylation, histone methyltransferase, MLL-family proteins, SET domain, TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex; TRANSFERASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5f6k__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5f6k__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5f6k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.87 Å
Rg（电子密度）	26.29 Å
总 Rg	26.96 Å
原子数	2863
残基数	353
排除体积	50746 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5f6k__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5f6k__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5f6k__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
分子量 formula_weight	20597.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5829

SRVLLALHDRAPQLKISDDRLTVVGEKGYSMVRASHGVRKGAWYFEITVDEMPPDTAARLGWSQPLGNLQAPLGYDKFSYSWRSKKGTKFHQSIGKHYSSGYGQGDVLGFYINLPEDTISGRGSSEIIFYKNGVNQGVAYKDIFEGVYFPAISLYKSCTVSINFGPCFKYPPKDLTYRPMSDMG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase 2C
分子量 formula_weight	18442.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

GPLGSKSSQYRKMKTEWKSNVYLARSRIQGLGLYAARDIEKHTMVIEYIGTIIRNEVANRKEKLYESQNRGVYMFRMDNDHVIDATLTGGPARYINHSCAPNCVAEVVTFERGHKIIISSSRRIQKGEELCYDYKFDFEDDQHKIPCHCGAVNCRKWMN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Retinoblastoma-binding protein 5
分子量 formula_weight	3255.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

SAFAPDFKELDENVEYEERESEFDIED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	peptide ARTKQTARK
分子量 formula_weight	1063.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

ARTKQTARK

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	225

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5f6kA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — SPRY domain

结构域编号 domain_id	5f6kB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — SPRY domain

结构域编号 domain_id	5f6kC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	5f6kE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

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晶胞边长 a length_a	80.342 Å
晶胞边长 b length_b	236.076 Å
晶胞边长 c length_c	44.416 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.411 Å
最低分辨率 resolution_low	44.416 Å
R 因子 r_factor	0.1827
R_work r_work	0.1804
R_free r_free	0.2284

Crystal structure of the MLL3-Ash2L-RbBP5 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone-lysine N-methyltransferase 2C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Retinoblastoma-binding protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5f6k__assembly_3__model_1

5f6k__assembly_3__model_1 | I(q)

5f6k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the MLL3-Ash2L-RbBP5 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone-lysine N-methyltransferase 2C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Retinoblastoma-binding protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5f6k__assembly_3__model_1

5f6k__assembly_3__model_1 | I(q)

5f6k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)