5f84

Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its glycoprotein product (glucosylated EGF repeat) and UDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-glucosyltransferase rumi

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–407	片段：UNP residues 21-407	Coagulation factor IX × 1 （P00740） UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5F84	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5F85 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its substrate protein (EGF repeat) and UDP 提交 2015-12-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–407（387 aa）片段：UNP residues 21-407	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
5F86 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its substrate protein (EGF repeat) 提交 2015-12-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–407（387 aa）片段：UNP residues 21-407	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
5F87 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with UDP 提交 2015-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–407（387 aa）片段：UNP residues 21-407	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.203
5F87 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with UDP 提交 2015-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–407（387 aa）片段：UNP residues 21-407	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.203
5F87 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with UDP 提交 2015-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 21–407（387 aa）片段：UNP residues 21-407	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.203
5F87 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with UDP 提交 2015-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 21–407（387 aa）片段：UNP residues 21-407	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.203
5F87 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with UDP 提交 2015-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 21–407（387 aa）片段：UNP residues 21-407	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.203
5F87 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with UDP 提交 2015-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 21–407（387 aa）片段：UNP residues 21-407	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.203

共 3 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUMI_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–395； UniProt 21–407

Coagulation factor IX

Homo sapiens

UniProt P00740

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 92–130	片段：UNP residues 92-130	O-glucosyltransferase rumi × 1 （Q8T045） UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5F84	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CFH STRUCTURE OF THE METAL-FREE GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID-RICH MEMBRANE BINDING REGION OF FACTOR IX BY TWO-DIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY 提交 1995-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–93（47 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 12	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CFI NMR STRUCTURE OF CALCIUM ION-BOUND GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID-RICH DOMAIN OF FACTOR IX 提交 1995-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–93（47 aa）片段：THE GLA AND AROMATIC AMINO ACID STACK DOMAINS, RESIDUES 1 - 47	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.35	分辨率未提供
1EDM EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN FROM HUMAN FACTOR IX 提交 1996-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 92–130（39 aa）片段：EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN 链 C 92–130（39 aa）片段：EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3	分辨率 1.50 Å
1IXA THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE FIRST EGF-LIKE MODULE OF HUMAN FACTOR IX: COMPARISON WITH EGF AND TGF-A 提交 1991-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–130（39 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1MGX COAGULATION FACTOR, MG(II), NMR, 7 STRUCTURES (BACKBONE ATOMS ONLY) 提交 1995-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–93（47 aa）片段：THE GLA AND AROMATIC AMINO ACID STACK DOMAINS FROM RESIDUES 1 - 47	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1NL0 Crystal structure of human factor IX Gla domain in complex of an inhibitory antibody, 10C12 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 47–91（45 aa）片段：Gla domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
1NL0 Crystal structure of human factor IX Gla domain in complex of an inhibitory antibody, 10C12 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 47–91（45 aa）片段：Gla domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
1RFN HUMAN COAGULATION FACTOR IXA IN COMPLEX WITH P-AMINO BENZAMIDINE 提交 1999-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：FRAGMENT EGF2-CATALYTIC DOMAIN 链 B 128–183（56 aa）片段：FRAGMENT EGF2-CATALYTIC DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
2WPH factor IXa superactive triple mutant 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22 % PEG 3000, 100 MM BIS/TRIS, PH 6.85	分辨率 1.50 Å R-free 0.267
2WPI factor IXa superactive double mutant 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；24 % PEG 6000 100 MM MES PH 7.1	分辨率 1.99 Å R-free 0.252
2WPJ factor IXa superactive triple mutant, NaCl-soaked 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22 % PEG 3000 100 MM BIS/TRIS PH 6.85	分辨率 1.60 Å R-free 0.256
2WPK factor IXa superactive triple mutant, ethylene glycol-soaked 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22 % PEG 3000 100 MM BIS/TRIS PH 6.85	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
2WPL factor IXa superactive triple mutant, EDTA-soaked 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22 % PEG 3000 100 MM BIS/TRIS PH 6.85	分辨率 1.82 Å R-free 0.289
2WPM factor IXa superactive mutant, EGR-CMK inhibited 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 133–191（59 aa）片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 133-191 链 S 227–461（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 227-461	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.85；22 % PEG 3000 100 MM BIS/TRIS PH 6.85	分辨率 2.00 Å R-free 0.318
3KCG Crystal structure of the antithrombin-factor IXa-pentasaccharide complex 提交 2009-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 227–461（235 aa）链 L 131–188（58 aa）片段：EGF2	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；0.25M Ammonium sulfate, 19.5% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.230
3LC3 Benzothiophene Inhibitors of Factor IXa 提交 2010-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：residues 227-461 链 B 133–188（56 aa）片段：residues 133-188	未记录	IYX 1-[5-(3,4-dimethoxyphenyl)-1-benzothiophen-2-yl]methanediamine × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.260
3LC3 Benzothiophene Inhibitors of Factor IXa 提交 2010-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 227–461（235 aa）片段：residues 227-461 链 D 133–188（56 aa）片段：residues 133-188	未记录	IYX 1-[5-(3,4-dimethoxyphenyl)-1-benzothiophen-2-yl]methanediamine × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.260
3LC5 Selective Benzothiophine Inhibitors of Factor IXa 提交 2010-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：residues 227-461 链 B 133–188（56 aa）片段：residues 133-188	未记录	CA CALCIUM ION × 1 IZX 1-{4-[(R)-phenyl(3-phenyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methoxy]-1-benzothiophen-2-yl}methanediamine × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.62 Å R-free 0.277
4WM0 Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with acceptor ligand 提交 2014-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350	分辨率 2.37 Å R-free 0.233
4WMA Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Glucose 提交 2014-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350	分辨率 1.62 Å R-free 0.243
4WMB crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, acceptor ligand and UDP 提交 2014-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.235
4WMI Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex I) 提交 2014-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350	分辨率 1.87 Å R-free 0.226
4WMK Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex II) 提交 2014-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350	分辨率 2.08 Å R-free 0.246
4WN2 Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex III) 提交 2014-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
4WNH Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Xylose 提交 2014-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 92–130（39 aa）片段：unp residues 92-130	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDX URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.224
4YZU Rapid development of two Factor IXa inhibitors from Hit to Lead 提交 2015-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：Peptidase S1 domain (UNP residue 227-461) 链 B 131–191（61 aa）片段：EGF-like 2 domain (UNP residues 131-191)	突变：R150A	4K6 N-[2-(5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]-4-(4H-1,2,4-triazol-4-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；295 K；0.05 M Tris, pH 7.2, 1.2 M ammonium sulfate, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.41 Å R-free 0.161
4Z0K Rapid development of two Factor IXa inhibitors from Hit to Lead 提交 2015-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：Peptidase S1 domain (UNP residue 227-461) 链 B 131–191（61 aa）片段：EGF-like 2 domain (UNP residues 131-191)	未记录	4LN N-[(2R)-10-hydroxy-2,7-dimethyl-1,2,3,4-tetrahydropyrido[1,2-b]indazol-2-yl]-4-(4H-1,2,4-triazol-4-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；50 mM Tris, pH 7.2, 1.2 M ammonium sulfate, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.41 Å R-free 0.165
4ZAE Development of a novel class of potent and selective FIXa inhibitors 提交 2015-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：Peptidase S1 domain (UNP residues 227-461) 链 B 131–191（61 aa）片段：EG-like 2 domain (UNP residues 131-191)	突变：R150A	4M1 2,6-dichloro-N-[(2R)-2-(5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-phenylethyl]-4-(4H-1,2,4-triazol-4-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；50 mM CHES, pH 9.0, 1.3 M tri-sodium citrate and 3 mM compound (cross seeded with crystals grown from 50 mM Tris, pH 7.2, 1.45 M ammonium sulfate, 2.0 M sodium chloride and 3 mM compound)	分辨率 1.86 Å R-free 0.174
5EGM Development of a novel tricyclic class of potent and selective FIXa inhibitors 提交 2015-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）链 B 131–191（61 aa）片段：UNP residues 131-191	突变：A150R	NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 5NY 2-chloranyl-~{N}-[(7~{S})-2-methyl-7-phenyl-10-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)-8,9-dihydro-6~{H}-pyrido[1,2-a]indol-7-yl]-4-(1,2,4-triazol-4-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；50 MM CHES, PH 9.0, 1.3 M TRI-SODIUM REMARK 280 CITRATE AND 3 MM COMPOUND (CROSS SEEDED WITH CRYSTALS GROWN FROM REMARK 280 50 MM TRIS, PH 7.2, 1.45 M AMMONIUM SULFATE, 2.0 M SODIUM REMARK 280 CHLORIDE AND 3 MM COMPOUND)	分辨率 1.84 Å R-free 0.171
5F85 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its substrate protein (EGF repeat) and UDP 提交 2015-12-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 92–130（39 aa）片段：UNP residues 92-130	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
5F86 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its substrate protein (EGF repeat) 提交 2015-12-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 92–130（39 aa）片段：UNP residues 92-130	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
5JB8 Crystal structure of factor IXa variant K98T in complex with EGR-chloromethylketone 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：K98T	CA CALCIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein-inhibitor complex, 0.1M MES pH 6.5, 18-20% PEG6000	分辨率 1.45 Å R-free 0.185
5JB9 Crystal structure of factor IXa K98T variant in complex with PPACK 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：K98T	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein/inhibitor complex 0.1 M MES pH 6.5 18% PEG6000	分辨率 1.30 Å R-free 0.176
5JBA Crystal structure of factor IXa variant V16I K98T Y177T I212V in complex with PPACK 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：V16I K98T Y177T I212V	CA CALCIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein-inhibitor complex, 0.1M MES pH 6.5, 18% PEG6000	分辨率 1.40 Å R-free 0.179
5JBB Crystal structure of factor IXa variant V16I K98T Y177T I213V in complex with EGR-chloromethylketone 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：V16I K98T Y177T I213V	CA CALCIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein-inhibitor complex, 0.1M MES pH 6.5, 20% PEG6000	分辨率 1.56 Å R-free 0.190
5JBC Crystal structure of factor IXa variant V16I K98T Y177T I213V in complex with PPACK 提交 2016-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–191（58 aa）链 S 227–461（235 aa）	突变：V16I K98T Y177T I213V	CA CALCIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；6 mg/mL protein-inhibitor complex, 0.1M MES pH 6.5, 20% PEG6000	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
5TNO Discovery of novel aminobenzisoxazole derivatives as orally available factor IXa inhibitors 提交 2016-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：UNP residues 227-461 链 B 131–191（61 aa）片段：UNP residues 131-191	未记录	UNL UNKNOWN LIGAND × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；50 MM CHES, PH 9.0, 1.3 M TRI-SODIUM CITRATE AND 3 MM COMPOUND (CROSS SEEDED WITH CRYSTALS GROWN FROM REMARK 280 50 MM TRIS, PH 7.2, 1.45 M AMMONIUM SULFATE, 2.0 M SODIUM REMARK 280 CHLORIDE AND 3 MM COMPOUND)	分辨率 1.54 Å R-free 0.158
5TNT Discovery of novel aminobenzisoxazole derivatives as orally available factor IXa inhibitors 提交 2016-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）片段：UNP residues 227-461 链 B 131–191（61 aa）片段：UNP residues 131-191	突变：R150A	7GQ N-[(1S,4S,7R)-2-(3-amino-4-chloro[1,2]oxazolo[5,4-c]pyridin-7-yl)-2-azabicyclo[2.2.1]heptan-7-yl]-2-chloro-4-(3-methyl-1H-1,2,4-triazol-1-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；50 MM CHES, PH 9.0, 1.3 M TRI-SODIUM CITRATE AND 3 MM COMPOUND (CROSS SEEDED WITH CRYSTALS GROWN FROM REMARK 280 50 MM TRIS, PH 7.2, 1.45 M AMMONIUM SULFATE, 2.0 M SODIUM CHLORIDE AND 3 MM COMPOUND)	分辨率 1.40 Å R-free 0.161
5VYG Crystal structure of hFA9 EGF repeat with O-glucose trisaccharide 提交 2017-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 92–130（39 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% Glycerol, 1.6 M (NH4)2SO4, 5% 2,2,2-Trifluoroethanol	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
5VYG Crystal structure of hFA9 EGF repeat with O-glucose trisaccharide 提交 2017-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–130（39 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% Glycerol, 1.6 M (NH4)2SO4, 5% 2,2,2-Trifluoroethanol	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
5VYG Crystal structure of hFA9 EGF repeat with O-glucose trisaccharide 提交 2017-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 92–130（39 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% Glycerol, 1.6 M (NH4)2SO4, 5% 2,2,2-Trifluoroethanol	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
6MV4 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR IXa 提交 2018-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 227–461（235 aa）链 L 133–185（53 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 24 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FMT FORMIC ACID × 4 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG4000, 1 M NaCl, 0.2 M Ammonium Sulfate, 5 mM Calcium Chloride	分辨率 1.37 Å R-free 0.210
6RFK Crystal structure of EGRCK-inhibited Gla-domainless fIXa (K148Q, R150Q variant) 提交 2019-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 130–191（62 aa）链 S 227–461（235 aa）	未记录	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 8.5, 24% PEG 3350, 0.275M Na Malonate	分辨率 1.60 Å R-free 0.163
6X5J Discovery of Hydroxy Pyrimidine Factor IXa Inhibitors 提交 2020-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）链 B 131–191（61 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 6NH 2-(4-HYDROXY-5-PHENYL-1H-PYRAZOL-3-YL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M CITRIC ACID, 20% PEG 6000	分辨率 2.51 Å R-free 0.225
6X5L Discovery of Hydroxy Pyrimidine Factor IXa Inhibitors 提交 2020-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–460（234 aa）链 B 131–191（61 aa）	未记录	UQG 4-{[5-hydroxy-6-(4-methylphenyl)pyrimidin-4-yl]amino}benzene-1-carboximidamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M CITRIC ACID, 20% PEG 6000	分辨率 2.25 Å R-free 0.233
6X5P Discovery of Hydroxy Pyrimidine Factor IXa Inhibitors 提交 2020-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–461（235 aa）链 B 131–191（61 aa）	突变：A138R	UQD 3-chloro-4-{[5-hydroxy-6-(4-methylphenyl)pyrimidin-4-yl]amino}benzene-1-carboximidamide × 1 CIT CITRIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1 M CITRIC ACID, 20% PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
7AHV Anti-FIXa Fab of mim8 in complex with human FIXa 提交 2020-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 227–461（235 aa）链 L 131–188（58 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 17 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；2 M ammonium sulphate, 0.1 M Hepes, pH 7.5	分辨率 3.11 Å R-free 0.283
8EPC Crystal structure of human coagulation factor IXa (S195A), apo-form 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 130–190（61 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 B 227–461（235 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% Glycerol Ethoxylate	分辨率 2.51 Å R-free 0.281
8EPH Crystal structure of human coagulation factor IXa (S195A), apo-form, DES-GLA 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 93–190（98 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 B 227–461（235 aa）	突变：S195A	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Na Citrate pH 5.0; 30% Jeffamine ED-2001 pH 7.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.211
8EPH Crystal structure of human coagulation factor IXa (S195A), apo-form, DES-GLA 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 93–190（98 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 D 227–461（235 aa）	突变：S195A	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Na Citrate pH 5.0; 30% Jeffamine ED-2001 pH 7.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.211
8EPK Complex of anticoagulant RNA aptamer and human coagulation factor IXa (S195A) 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 130–190（61 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 B 227–461（235 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；60 mM Na Citrate pH 5.0; 4% Tacsimate pH 7.0; 23% PEG 8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.261
8EPK Complex of anticoagulant RNA aptamer and human coagulation factor IXa (S195A) 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 130–190（61 aa）片段：furin cleavage site (RRKR) inserted 链 D 227–461（235 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；60 mM Na Citrate pH 5.0; 4% Tacsimate pH 7.0; 23% PEG 8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.261
8OL9 Anti-FIXa Fab in complex with human des-(Gla-EGF1) FIXa 提交 2023-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 227–461（235 aa）链 L 131–188（58 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, !.0 M lithium sulphate	分辨率 2.60 Å R-free 0.323
9BVK Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with factor IX propeptide and glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone 提交 2024-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 29–92（64 aa）片段：residues 29-92	未记录	A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9BVR Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with factor IX propeptide and partially carboxylated glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone and calcium 提交 2024-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 29–92（64 aa）片段：residues 29-92	未记录	A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9L21 cryo-EM structure of Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX 提交 2024-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–56（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 CO2 CARBON DIOXIDE × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
9L25 cryo-EM structure of Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla) 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–56（28 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 CO2 CARBON DIOXIDE × 1 BCT BICARBONATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.41 Å
9L6Q Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX and vitamin K 提交 2024-12-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–461（461 aa）	未记录	6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 1L3 Menaquinone-4 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
9L6R double-mutant (K217A & K218A) Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX and vitamin K 提交 2024-12-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–461（461 aa）	未记录	A1EMC 2-methyl-3-[(2~{E},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]naphthalene-1,4-diol × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å
9WF3 Cryo-EM structure of GGCX-FIX complex 提交 2025-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–56（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 MX7 (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl (9Z,9'Z)bis-octadec-9-enoate × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 A1AT1 (1aR,7aS)-1a-methyl-7a-[(2E,6E,10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraen-1-yl]-1a,7a-dihydronaphtho[2,3-b]oxirene-2,7-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9WFN Cryo-EM structure of GGCX-proP2 提交 2025-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–44（16 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 MX7 (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl (9Z,9'Z)bis-octadec-9-enoate × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 A1AT1 (1aR,7aS)-1a-methyl-7a-[(2E,6E,10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraen-1-yl]-1a,7a-dihydronaphtho[2,3-b]oxirene-2,7-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 55 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FA9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–42； UniProt 92–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5f84
沉积日期 deposition_date	2015-12-09
结构标题 title	Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its glycoprotein product (glucosylated EGF repeat) and UDP
关键词 keywords	glycosyltransferase, protein O-glucosyltransferase, Notch regulation, EGF repeat, Transferase-Hydrolase complex; Transferase/Hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.70 Å
零角强度 I(0) i0	40789700.00
分子量 molecular_weight	48149.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59633 Å³
包络体积 envelope_volume	69751 Å³
水化壳体积 shell_volume	26233 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.18 Å
包络 Rg envelope_rg	22.05 Å
形状 Rg shape_rg	21.69 Å
总 Rg total_rg	22.60 Å
总原子数 total_atoms	3384
残基数 n_residues	404
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8826
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.271
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.283
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7521000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.959

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	O-glucosyltransferase rumi
分子量 formula_weight	46820.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3479

AAQPAEALEDDGLCSADQKSCAQSEPDQINEDEFSFKIRRQIEKANADYKPCSSDPQDSDCSCHANVLKRDLAPYKSTGVTRQMIESSARYGTKYKIYGHRLYRDANCMFPARCEGIEHFLLPLVATLPDMDLIINTRDYPQLNAAWGNAAGGPVFSFSKTKEYRDIMYPAWTFWAGGPATKLHPRGIGRWDQMREKLEKRAAAIPWSQKRSLGFFRGSRTSDERDSLILLSRRNPELVEAQYTKNQGWKSPKDTLDAPAADEVSFEDHCKYKYLFNFRGVAASFRLKHLFLCKSLVFHVGDEWQEFFYDQLKPWVHYVPLKSYPSQQEYEHILSFFKKNDALAQEIAQRGYDFIWEHLRMKDIKCYWRKLLKRYVKLLQYEVKPEDQLIYIGPKARALVPR

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coagulation factor IX
分子量 formula_weight	5710.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDIVDGDQCESNPCLNGGSCKDDINSYECWCPFGFEGKNCELLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	95

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5f84b1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d5f84b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	271.016 Å
晶胞边长 b length_b	271.016 Å
晶胞边长 c length_c	47.427 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1945
R_work r_work	0.1921
R_free r_free	0.2393

fit	/app/data/saxs_computation/f8/5f84/5f84.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f8/5f84/5f84.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f8/5f84/5f84.dat

Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its glycoprotein product (glucosylated EGF repeat) and UDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-glucosyltransferase rumi

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Coagulation factor IX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)