← 返回搜索
5f87

Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with UDP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 183.9 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-glucosyltransferase rumi

Drosophila melanogaster

UniProt Q8T045

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–407 片段：UNP residues 21-407 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol 分辨率 3.20 Å R-free 0.203
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 21–407 片段：UNP residues 21-407 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol 分辨率 3.20 Å R-free 0.203
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 21–407 片段：UNP residues 21-407 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol 分辨率 3.20 Å R-free 0.203
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 21–407 片段：UNP residues 21-407 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol 分辨率 3.20 Å R-free 0.203
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 21–407 片段：UNP residues 21-407 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol 分辨率 3.20 Å R-free 0.203
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 21–407 片段：UNP residues 21-407 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 1.2M sodium citrate tribasic, 6% glycerol 分辨率 3.20 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5F87 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5F84 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its glycoprotein product (glucosylated EGF repeat) and UDP 提交 2015-12-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–407（387 aa） 片段：UNP residues 21-407
未记录 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 BGC beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
5F85 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its substrate protein (EGF repeat) and UDP 提交 2015-12-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–407（387 aa） 片段：UNP residues 21-407
未记录 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
5F86 Crystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with its substrate protein (EGF repeat) 提交 2015-12-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–407（387 aa） 片段：UNP residues 21-407
未记录 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.62M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.221

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUMI_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–395； UniProt 21–407 作者链 B； PDB构建体 9–395； UniProt 21–407 作者链 C； PDB构建体 9–395； UniProt 21–407 作者链 D； PDB构建体 9–395； UniProt 21–407 作者链 E； PDB构建体 9–395； UniProt 21–407 作者链 F； PDB构建体 9–395； UniProt 21–407

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5f87

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5f87
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5f87
沉积日期 deposition_date2015-12-09
结构标题 titleCrystal structure of Drosophila Poglut1 (Rumi) complexed with UDP
关键词 keywordsglycosyltransferase, protein O-glucosyltransferase, Notch regulation, EGF repeat, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier61.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.09 Å
零角强度 I(0) i0944759000.00
分子量 molecular_weight259630.0 kDa
排除体积 excluded_volume324870 ų
包络体积 envelope_volume481520 ų
水化壳体积 shell_volume66428 ų
包络直径 envelope_diameter198.1 Å
壳层 Rg shell_rg61.44 Å
包络 Rg envelope_rg60.11 Å
形状 Rg shape_rg62.09 Å
总 Rg total_rg62.09 Å
总原子数 total_atoms18330
残基数 n_residues2190
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax183.9 Å
Rg (实空间) rg_real62.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.90 Å
I(0) (实空间) i0_real9.4480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal61.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal943600000.0000
解质量估计 total_estimate0.5888
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary44.1 Å
偏度 Skewness skewness0.212
峰度 Kurtosis kurtosis-0.919
角度范围 angular_range— – 0.1250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27790000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.004; Positv: 1.000; Valcen: 0.833; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)