SAXSdb — 5fjy

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KINESIN LIGHT CHAIN 2

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 161–480 链 B； UniProt 161–480	片段：TPR DOMAIN WITH N-TERMINAL EXTENSION	UNKNOWN PEPTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；8% (W/V) PGA-LM 0.3 M NA-MALONATE 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5	分辨率 4.00 Å R-free 0.261
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 161–480	片段：TPR DOMAIN WITH N-TERMINAL EXTENSION	UNKNOWN PEPTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；8% (W/V) PGA-LM 0.3 M NA-MALONATE 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5	分辨率 4.00 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FJY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3ZFW Crystal structure of the TPR domain of kinesin light chain 2 in complex with a tryptophan-acidic cargo peptide 提交 2012-12-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–480（263 aa）片段：TPR DOMAIN, RESIDUES 218-477	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.10 M MES PH 6.5, 0.2 L-PROLINE, 7% PGA	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
3ZFW Crystal structure of the TPR domain of kinesin light chain 2 in complex with a tryptophan-acidic cargo peptide 提交 2012-12-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 218–480（263 aa）片段：TPR DOMAIN, RESIDUES 218-477	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.10 M MES PH 6.5, 0.2 L-PROLINE, 7% PGA	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
5OJF Crystal Structure of KLC2-TPR domain (fragment [A1-B6] 提交 2017-07-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 190–484（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12 % PEG 3350, 0.5 M Phos. pH 7.5 Glycerol 25 %	分辨率 3.40 Å R-free 0.264
5OJF Crystal Structure of KLC2-TPR domain (fragment [A1-B6] 提交 2017-07-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 190–484（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12 % PEG 3350, 0.5 M Phos. pH 7.5 Glycerol 25 %	分辨率 3.40 Å R-free 0.264
5OJF Crystal Structure of KLC2-TPR domain (fragment [A1-B6] 提交 2017-07-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 190–484（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12 % PEG 3350, 0.5 M Phos. pH 7.5 Glycerol 25 %	分辨率 3.40 Å R-free 0.264
6EJN The KLC2 TPR domain bound to the JIP3 leucine zipper domain 提交 2017-09-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 191–479（289 aa）链 B 191–479（289 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；20% PEG 3350 0.2 M NaCSN	分辨率 3.20 Å R-free 0.210
6F9I Crystal structure of KLC2 bound to the second tryptophan-acidic motif peptide from calsyntenin-1 提交 2017-12-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 191–481（291 aa）链 B 191–481（291 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.893 M sodium potassium tartrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole pH 8.0	分辨率 3.99 Å R-free 0.273

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91YS4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–324； UniProt 161–480 作者链 B； PDB构建体 5–324； UniProt 161–480 作者链 C； PDB构建体 5–324； UniProt 161–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fjy
沉积日期 deposition_date	2015-10-14
结构标题 title	Crystal structure of mouse kinesin light chain 2 (residues 161-480)
关键词 keywords	PROTEIN TRANSPORT, MOLECULAR TRANSPORT, TPR DOMAINS, AUTOINHIBITION; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.79 Å
零角强度 I(0) i0	133839000.00
分子量 molecular_weight	91070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113560 Å³
包络体积 envelope_volume	164990 Å³
水化壳体积 shell_volume	39196 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.68 Å
包络 Rg envelope_rg	37.11 Å
形状 Rg shape_rg	37.78 Å
总 Rg total_rg	38.02 Å
总原子数 total_atoms	6405
残基数 n_residues	813
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	133800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8837
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.373
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.368
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8723000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.897

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KINESIN LIGHT CHAIN 2
分子量 formula_weight	36371.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6405

GSHMKDSLDDLFPNEDEQSPAPSPGGGDVAAQHGGYEIPALRLTLHNLVIQYASQGRYEVAVPLCKQALEDLEKTSGHDHPDVATMLNILALVYRDQNKYKDAAHLLNDALAIREKTLGKDHPAVAATLNNLAVLYGKRGKYKEAEPLCKRALEIREKVLGKFHPDVAKQLSNLALLCQNQGKAEEVEYYYRRALEIYATRLGPDDPNVAKTKNNLASCYLKQGKYQDAETLYKEILTRAHEKEFGSVNGENKPIWMHAEEREESKDKRRDSAPYGEYGSWYKACKVDSPTVNTTLRSLGALYRRQGKLEAAHTLEDCASRSRK

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	UNKNOWN PEPTIDE
分子量 formula_weight	443.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

XXXXX

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5fjyA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	5fjyB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	5fjyC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	148.700 Å
晶胞边长 b length_b	86.280 Å
晶胞边长 c length_c	111.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	42.880 Å
R 因子 r_factor	0.2343
R_work r_work	0.2328
R_free r_free	0.2611

fit	/app/data/saxs_computation/fj/5fjy/5fjy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fj/5fjy/5fjy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fj/5fjy/5fjy.dat

Crystal structure of mouse kinesin light chain 2 (residues 161-480)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KINESIN LIGHT CHAIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)