SAXSdb — 5fp3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B, JMJD3

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	3-(4-phenylbutanoylamino)pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 BICINE × 2 COBALT (II) ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	3-(4-phenylbutanoylamino)pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 BICINE × 2 COBALT (II) ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDM6B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–504； UniProt 1141–1643 作者链 B； PDB构建体 2–504； UniProt 1141–1643

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fp3
沉积日期 deposition_date	2015-11-27
结构标题 title	Cell penetrant inhibitors of the JMJD2 (KDM4) and JARID1 (KDM5) families of histone lysine demethylases
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, INHIBITOR, JMJD3, KDM6B, JUMONJI; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5fp3__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5fp3__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5fp3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.79 Å
Rg（电子密度）	22.88 Å
总 Rg	23.76 Å
原子数	3431
残基数	423
排除体积	60899 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5fp3__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5fp3__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HUMAN LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B, JMJD3
分子量 formula_weight	58050.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7843

MDVVRASRNAKVKGKFRESYLSPAQSVKPKINTEEKLPREKLNPPTPSIYLESKRDAFSPVLLQFCTDPRNPITVIRGLAGSLRLNLGLFSTKTLVEASGEHTVEVRTQVQQPSDENWDLTGTRQIWPCESSRSHTTIAKYAQYQASSFQESLQEEKESEDEESEEPDSTTGTPPSSAPDPKNHHIIKFGTNIDLSDAKRWKPQLQELLKLPAFMRVTSTGNMLSHVGHTILGMNTVQLYMKVPGSRTPGHQENNNFCSVNINIGPGDCEWFAVHEHYWETISAFCDRHGVDYLTGSWWPILDDLYASNIPVYRFVQRPGDLVWINAGTVHWVQATGWCNNIAWNVGPLTAYQYQLALERYEWNEVKNVKSIVPMIHVSWNVARTVKISDPDLFKMIKFCLLQSMKHCQVQRESLVRAGKKIAYQGRVKDEPAYYCNECDVEVFNILFVTSENGSRNTYLVHCEGCARRRSAGLQGVVVLEQYRTEELAQAYDAFTLAPASTSRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3-(4-phenylbutanoylamino)pyridine-4-carboxylic acid
分子量 formula_weight	284.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BICINE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	835

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5fp3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	5fp3A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1370 —

结构域编号 domain_id	5fp3A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5fp3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	5fp3B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1370 —

结构域编号 domain_id	5fp3B03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	61.199 Å
晶胞边长 b length_b	65.552 Å
晶胞边长 c length_c	77.301 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.59 °
晶胞夹角 β angle_beta	67.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	68.39 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	71.300 Å
R 因子 r_factor	0.2062
R_work r_work	0.2046
R_free r_free	0.2432

Cell penetrant inhibitors of the JMJD2 (KDM4) and JARID1 (KDM5) families of histone lysine demethylases

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B, JMJD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fp3__assembly_2__model_1

5fp3__assembly_2__model_1 | I(q)

5fp3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Cell penetrant inhibitors of the JMJD2 (KDM4) and JARID1 (KDM5) families of histone lysine demethylases

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B, JMJD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fp3__assembly_2__model_1

5fp3__assembly_2__model_1 | I(q)

5fp3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)