SAXSdb — 5fu7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2 × 1 （Q9NZN8） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O75175） NANOS, ISOFORM B × 1 （A0A0B4KGY5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2 × 1 （Q9NZN8） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O75175） NANOS, ISOFORM B × 1 （A0A0B4KGY5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNOT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–535； UniProt 1833–2361 作者链 E； PDB构建体 7–535； UniProt 1833–2361

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2

HOMO SAPIENS

UniProt Q9NZN8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （A5YKK6） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O75175） NANOS, ISOFORM B × 1 （A0A0B4KGY5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （A5YKK6） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O75175） NANOS, ISOFORM B × 1 （A0A0B4KGY5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNOT2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–197； UniProt 350–540 作者链 F； PDB构建体 7–197； UniProt 350–540

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3

HOMO SAPIENS

UniProt O75175

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （A5YKK6） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2 × 1 （Q9NZN8） NANOS, ISOFORM B × 1 （A0A0B4KGY5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （A5YKK6） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2 × 1 （Q9NZN8） NANOS, ISOFORM B × 1 （A0A0B4KGY5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNOT3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 7–148； UniProt 607–748 作者链 G； PDB构建体 7–148； UniProt 607–748

NANOS, ISOFORM B

DROSOPHILA MELANOGASTER

UniProt A0A0B4KGY5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （A5YKK6） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2 × 1 （Q9NZN8） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O75175）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （A5YKK6） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2 × 1 （Q9NZN8） CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O75175）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4KGY5_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 7–54； UniProt 116–163 作者链 H； PDB构建体 7–54； UniProt 116–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fu7
沉积日期 deposition_date	2016-01-21
结构标题 title	drosophila nanos NBR peptide bound to the NOT module of the human CCR4-NOT complex
关键词 keywords	GENE REGULATION, DEADENYLATION, MRNA DECAY, CCR4-NOT, TRANSCRIPTION, TRANSLATIONAL REPRESSION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5fu7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5fu7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5fu7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.51 Å
Rg（电子密度）	32.73 Å
总 Rg	33.23 Å
原子数	7313
残基数	891
排除体积	130560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5fu7__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5fu7__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
分子量 formula_weight	61620.1 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	14548

GPHMLEHSGISQASEYDDPPGLREKAEYLLREWVNLYHSAAAGRDSTKAFSAFVGQMHQQGILKTDDLITRFFRLCTEMCVEISYRAQAEQQHNPAANPTMIRAKCYHNLDAFVRLIALLVKHSGEATNTVTKINLLNKVLGIVVGVLLQDHDVRQSEFQQLPYHRIFIMLLLELNAPEHVLETINFQTLTAFCNTFHILRPTKAPGFVYAWLELISHRIFIARMLAHTPQQKGWPMYAQLLIDLFKYLAPFLRNVELTKPMQILYKGTLRVLLVLLHDFPEFLCDYHYGFCDVIPPNCIQLRNLILSAFPRNMRLPDPFTPNLKVDMLSEINIAPRILTNFTGVMPPQFKKDLDSYLKTRSPVTFLSDLRSNLQVSNEPGNRYNLQLINALVLYVGTQAIAHIHNKGSTPSMSTITHSAHMDIFQNLAVDLDTEGRYLFLNAIANQLRYPNSHTHYFSCTMLYLFAEANTEAIQEQITRVLLERLIVNRPHPWGLLITFIELIKNPAFKFWNHEFVEEEPEIEKLFQSVAQCCM

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2
分子量 formula_weight	22945.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GPHMLEMVTDQFGMIGLLTFIRAAETDPGMVHLALGSDLTTLGLNLNSPENLYPKFASPWASSPCRPQDIDFHVPSEYLTNIHIRDKLAAIKLGRYGEDLLFYLYYMNGGDVLQLLAAVELFNRDWRYHKEERVWITRAPGMEPTMKTNTYERGTYYFFDCLNWRKVAKEFHLEYDKLEERPHLPSTFNYNPAQQAF

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
分子量 formula_weight	18267.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GPHMLELTKEQLYQQAMEEAAWHHMPHPSDSERIRQYLPRNPCPTPPYHHQMPPPHSDTVEFYQRLSTETLFFIFYYLEGTKAQYLAAKALKKQSWRFHTKYMMWFQRHEEPKTITDEFEQGTYIYFDYEKWGQRKKEGFTFEYRYLE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	NANOS, ISOFORM B
分子量 formula_weight	5745.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GPHMLESHQQTDEIARSLKIFAQVTTGAAENAAGSMQDVMQEFATNGYASDDLG

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
通用名 common_name	FRUIT FLY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5fu7B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 — CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5fu7C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 — CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5fu7F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 — CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5fu7G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 — CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	75.950 Å
晶胞边长 b length_b	135.670 Å
晶胞边长 c length_c	104.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.580 Å
R 因子 r_factor	0.1680
R_work r_work	0.1649
R_free r_free	0.2267

drosophila nanos NBR peptide bound to the NOT module of the human CCR4-NOT complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NANOS, ISOFORM B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fu7__assembly_1__model_1

5fu7__assembly_1__model_1 | I(q)

5fu7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

drosophila nanos NBR peptide bound to the NOT module of the human CCR4-NOT complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NANOS, ISOFORM B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fu7__assembly_1__model_1

5fu7__assembly_1__model_1 | I(q)

5fu7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)