5fvl

Crystal structure of Vps4-Vps20 complex from S.cerevisiae

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 4

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P52917

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 20 × 1 (Q04272) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 20 × 1 (Q04272) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPS4_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–83; UniProt 1–82 作者链 B; PDB构建体 2–83; UniProt 1–82

VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 20

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt Q04272

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 4 × 1 (P52917) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 4 × 1 (P52917) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPS20_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–27; UniProt 170–195 作者链 D; PDB构建体 2–27; UniProt 170–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5fvl
沉积日期 deposition_date2016-02-09
结构标题 titleCrystal structure of Vps4-Vps20 complex from S.cerevisiae
关键词 keywordsVIRAL PROTEIN, MIT DOMAIN, ATPASE, YEAST; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5fvl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5fvl__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5fvl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)16.44 Å
Rg(电子密度)15.29 Å
总 Rg16.37 Å
原子数863
残基数109
排除体积15343 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5fvl__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5fvl__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd5fvla1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.14 — MIT domain
家族 Family familya.7.14.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5fvla2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5fvlb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.14 — MIT domain
家族 Family familya.7.14.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5fvlA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit
结构域编号 domain_id5fvlB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit
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7. 引用文献 (1)