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5ghl

Crystal structure Analysis of the starch-binding domain of glucoamylase from Aspergillus niger

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucoamylase

Aspergillus niger

UniProt P69328

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1kul 1kum 5ghl 5ghl 5ghl 5ghl

共 6 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3eqa 6frv

共 2 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMYG_ASPNG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 533–640 作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 533–640 作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 533–640 作者链 D； PDB构建体 1–108； UniProt 533–640

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ghl
沉积日期 deposition_date2016-06-20
结构标题 titleCrystal structure Analysis of the starch-binding domain of glucoamylase from Aspergillus niger
关键词 keywordsbeta-sheet structure, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ghl__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ghl__assembly_4__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ghl__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）15.54 Å
Rg（电子密度）14.16 Å
总 Rg15.43 Å
原子数849
残基数108
排除体积14876 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5ghl__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5ghl__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 5ghl__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 5ghl__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5ghla_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family familyb.3.1.1 — Starch-binding domain
结构域编号 domain_idd5ghlb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family familyb.3.1.1 — Starch-binding domain
结构域编号 domain_idd5ghlc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family familyb.3.1.1 — Starch-binding domain
结构域编号 domain_idd5ghld_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family familyb.3.1.1 — Starch-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5ghlA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5ghlB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5ghlC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5ghlD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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7. 引用文献 (1)