SAXSdb — 5ghs

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SsDNA-specific exonuclease

Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （Q5JF31） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （Q5JF31） SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5JGL0_THEKO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477 作者链 B； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477

Putative uncharacterized protein

Thermococcus kodakarensis

UniProt Q5JF31

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SsDNA-specific exonuclease × 1 （Q5JGL0） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SsDNA-specific exonuclease × 1 （Q5JGL0） SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5JF31_THEKO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 23–80； UniProt 131–188 作者链 D； PDB构建体 23–80； UniProt 131–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ghs
沉积日期 deposition_date	2016-06-20
结构标题 title	DNA replication protein
关键词 keywords	DNA replication, DNA BINDING PROTEIN-REPLICATION complex; DNA BINDING PROTEIN/REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ghs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ghs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ghs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.89 Å
Rg（电子密度）	24.88 Å
总 Rg	25.72 Å
原子数	3950
残基数	506
排除体积	70234 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ghs__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ghs__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SsDNA-specific exonuclease
分子量 formula_weight	52910.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7252

MDKEAFLERVREGAELIKMHIELGHTIRLISHRDADGITAGAILAKAVAREGGTFQLSIVKQVSEELIDQLAREKREIYVFSDLGSGSIELIEEKLNFATVVVADHHPPEKDSFSTDSHVLVNPVPFGANSVRDLSGSGVAYFVAREMNRKNRDMAYVAIVGAVGDMQEIDGTFHGLNLEIIEDGKELGILEVRKELRLFGRESRPLYQMLAYATNPEIPEITGDERKAIEWLRAKGFDPEMKYWQLREEEKRKLHEALLVHMIKHGAPKEAIDRLIGDVVISPLYPEGDVRHEAREFATLLNATGRLNAGTLGVAICLGDEEAYKVARKMLDDYKKEQIEARKFIIQNWNMVEEGEHAYVFYAGKNIRDTLVGIAANMAINAGLADPEKPVVVLADSDEDENLVKGSARTTEKALEKGYHLGEALKEVAEKLGGEGGGHAIAAGIRFPKNRIDEFIKLFNEALGRQVKGGGSEGEG

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative uncharacterized protein
分子量 formula_weight	9008.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMSKEVPKEAYIIQIDLPAVLGPDMKEYGPFMAGDMAIIPTVIGRALVEREAARRVRIFL

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ghsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1640 — inorganic pyrophosphatase (n-terminal core)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	5ghsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	310 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	5ghsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1640 — inorganic pyrophosphatase (n-terminal core)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	5ghsC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

▶

晶胞边长 a length_a	48.040 Å
晶胞边长 b length_b	116.277 Å
晶胞边长 c length_c	235.401 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.591 Å
最低分辨率 resolution_low	44.478 Å
R 因子 r_factor	0.2391
R_work r_work	0.2373
R_free r_free	0.2729

DNA replication protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SsDNA-specific exonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ghs__assembly_1__model_1

5ghs__assembly_1__model_1 | I(q)

5ghs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

DNA replication protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SsDNA-specific exonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ghs__assembly_1__model_1

5ghs__assembly_1__model_1 | I(q)

5ghs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)