5gij

Crystal structure of TDR-TDIF complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 7	Peptide from CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41 × 1 （Q84W98） alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TDR_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–601； UniProt 31–631

Peptide from CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41

物种未注明

UniProt Q84W98

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 7	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR × 1 （Q9FII5） alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLE41_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–12； UniProt 88–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gij
沉积日期 deposition_date	2016-06-23
结构标题 title	Crystal structure of TDR-TDIF complex
关键词 keywords	LRR, TDR, TDIF, PXY, LRR-RK, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5gij__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5gij__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5gij__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.26 Å
Rg（电子密度）	34.08 Å
总 Rg	34.60 Å
原子数	5064
残基数	613
排除体积	90333 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5gij__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
分子量 formula_weight	66735.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	C259A, C540S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5064

KFSPQLLSLLSLKTSLSGPPSAFQDWKVPVNGQNDAVWCSWSGVVCDNVTAQVISLDLSHRNLSGRIPIQIRYLSSLLYLNLSGNSLEGSFPTSIFDLTKLTTLDISRNSFDSSFPPGISKLKFLKVFNAFSNNFEGLLPSDVSRLRFLEELNFGGSYFEGEIPAAYGGLQRLKFIHLAGNVLGGKLPPRLGLLTELQHMEIGYNHFNGNIPSEFALLSNLKYFDVSNASLSGSLPQELGNLSNLETLFLFQNGFTGEIPESYSNLKSLKLLDFSSNQLSGSIPSGFSTLKNLTWLSLISNNLSGEVPEGIGELPELTTLFLWNNNFTGVLPHKLGSNGKLETMDVSNNSFTGTIPSSLCHGNKLYKLILFSNMFEGELPKSLTRCESLWRFRSQNNRLNGTIPIGFGSLRNLTFVDLSNNRFTDQIPADFATAPVLQYLNLSTNFFHRKLPENIWKAPNLQIFSASFSNLIGEIPNYVGCKSFYRIELQGNSLNGTIPWDIGHCEKLLSLNLSQNHLNGIIPWEISTLPSIADVDLSHNLLTGTIPSDFGSSKTITTFNVSYNQLIGPIPSGSFAHLNPSFFSSNEGLCGDLVGKPCNSDSGLEVL

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide from CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41
分子量 formula_weight	1280.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

HEVPSGPNPISN

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	894.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	132.921 Å
晶胞边长 b length_b	132.921 Å
晶胞边长 c length_c	229.842 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	57.556 Å
R 因子 r_factor	0.2181
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2372

Crystal structure of TDR-TDIF complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide from CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gij__assembly_1__model_1

5gij__assembly_1__model_1 | I(q)

5gij__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of TDR-TDIF complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptide from CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gij__assembly_1__model_1

5gij__assembly_1__model_1 | I(q)

5gij__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)