5gk5

Apo structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escherichia coli at 1.9 angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 154.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase class 2

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–359 链 B； UniProt 1–359	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2M ammonium acetate, 1mM Docosahexaenoic acid , 0.1M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–359 链 D； UniProt 1–359	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2M ammonium acetate, 1mM Docosahexaenoic acid , 0.1M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–359 链 F； UniProt 1–359	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2M ammonium acetate, 1mM Docosahexaenoic acid , 0.1M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–359 链 H； UniProt 1–359	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2M ammonium acetate, 1mM Docosahexaenoic acid , 0.1M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5GK5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B57 CLASS II FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE IN COMPLEX WITH PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMATE 提交 1999-01-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–358（358 aa）链 B 1–358（358 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PGH PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1DOS STRUCTURE OF FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE 提交 1996-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–358（358 aa）链 B 1–358（358 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.204
1ZEN CLASS II FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE 提交 1996-07-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–358（358 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.326
5GK3 Native structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escherichia coli at 1.8 Angstrom resolution 提交 2016-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）链 B 1–359（359 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2M ammonium acetate, 5% fructose 1,6-bisphosphatase, 0.1M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
5GK4 Native structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escherichia coli at 2.0 Angstrom resolution 提交 2016-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）链 B 1–359（359 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2M ammonium acetate, 5% fructose 1,6-bisphosphatase, 0.1M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.200
5GK6 Structure of E.Coli fructose 1,6-bisphosphate aldolase, Citrate bound form 提交 2016-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）链 B 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2M ammonium acetate, 5mM aldose, 0.1M citrate buffer pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
5GK7 Structure of E.Coli fructose 1,6-bisphosphate aldolase bound to Tris 提交 2016-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）链 B 1–359（359 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2 M ammonium acetate, 5mM fructose 1,6-bisphosphatase, 0.1 M Tris/HCl pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
5GK8 Structure of E.Coli fructose 1,6-bisphosphate aldolase, Acetate bound form 提交 2016-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）链 B 1–359（359 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.2 M ammonium acetate, 5% fructose 1,6-bisphosphatase, 0.1 M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.200
5VJD Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Escherichia coli with DHAP 提交 2017-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–359（358 aa）链 B 2–359（358 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 13P 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, Hepes buffer	分辨率 1.70 Å R-free 0.172
5VJE Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase of Escherichia coli with D-glucitol 1,6-bisphosphate 提交 2017-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–359（358 aa）链 B 2–359（358 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4 GOS D-Glucitol-1,6-bisphosphate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, Hepes buffer	分辨率 1.65 Å R-free 0.164

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 B； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 C； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 D； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 E； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 F； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 G； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 H； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gk5
沉积日期 deposition_date	2016-07-03
结构标题 title	Apo structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escherichia coli at 1.9 angstrom resolution
关键词 keywords	FBA apo3, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.19 Å
零角强度 I(0) i0	1227590000.00
分子量 molecular_weight	293590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	367740 Å³
包络体积 envelope_volume	500010 Å³
水化壳体积 shell_volume	84201 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.8 Å
壳层 Rg shell_rg	54.09 Å
包络 Rg envelope_rg	47.72 Å
形状 Rg shape_rg	49.20 Å
总 Rg total_rg	49.33 Å
总原子数 total_atoms	20650
残基数 n_residues	2661
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.3 Å
Rg (实空间) rg_real	49.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1228000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8302
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.018
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.691
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	63920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fructose-bisphosphate aldolase class 2
分子量 formula_weight	39191.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	21789

MSKIFDFVKPGVITGDDVQKVFQVAKENNFALPAVNCVGTDSINAVLETAAKVKAPVIVQFSNGGASFIAGKGVKSDVPQGAAILGAISGAHHVHQMAEHYGVPVILHTDHCAKKLLPWIDGLLDAGEKHFAATGKPLFSSHMIDLSEESLQENIEICSKYLERMSKIGMTLEIELGCTGGEEDGVDNSHMDASALYTQPEDVDYAYTELSKISPRFTIAASFGNVHGVYKPGNVVLTPTILRDSQEYVSKKHNLPHNSLNFVFHGGSGSTAQEIKDSVSYGVVKMNIDTDTQWATWEGVLNYYKANEAYLQGQLGNPKGEDQPNKKYYDPRVWLRAGQTSMIARLEKAFQELNAIDVL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1139

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5gk5a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.2 — Class II FBP aldolase

结构域编号 domain_id	d5gk5b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.2 — Class II FBP aldolase

结构域编号 domain_id	d5gk5c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.2 — Class II FBP aldolase

结构域编号 domain_id	d5gk5d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.2 — Class II FBP aldolase

结构域编号 domain_id	d5gk5e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.2 — Class II FBP aldolase

结构域编号 domain_id	d5gk5f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.2 — Class II FBP aldolase

结构域编号 domain_id	d5gk5g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.2 — Class II FBP aldolase

结构域编号 domain_id	d5gk5h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.2 — Class II FBP aldolase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5gk5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5gk5B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5gk5C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5gk5D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5gk5E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5gk5F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5gk5G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5gk5H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.834 Å
晶胞边长 b length_b	90.535 Å
晶胞边长 c length_c	113.733 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.07 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.21 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	22.055 Å
R 因子 r_factor	0.1740
R_work r_work	0.1723
R_free r_free	0.2068

fit	/app/data/saxs_computation/gk/5gk5/5gk5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gk/5gk5/5gk5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gk/5gk5/5gk5.dat