SAXSdb — 5gnc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avh146

Phytophthora sojae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 59–670	片段：UNP residues 59-670 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M NH4COOH	分辨率 2.80 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5GNC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7XVK Modularity of Phytophthora effectors enables host mimicry of a principal phosphatase 提交 2022-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 59–670（612 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；5% PEG 20000 0.1 M Bis tris pH 5.8 5 mM MgSO4	分辨率 2.29 Å R-free 0.227
9J5I Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–670（670 aa）链 E 1–670（670 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
9J5K Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–670（670 aa）链 E 1–670（670 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9J5N Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–670（670 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9J5R Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–670（670 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E0W4V5_PHYSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–612； UniProt 59–670

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gnc
沉积日期 deposition_date	2016-07-20
结构标题 title	Crystal structure of Phytophthora. sojae PSR2
关键词 keywords	PSR2, RNAi, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.73 Å
零角强度 I(0) i0	65224000.00
分子量 molecular_weight	67330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84903 Å³
包络体积 envelope_volume	124220 Å³
水化壳体积 shell_volume	25148 Å³
包络直径 envelope_diameter	188.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.03 Å
包络 Rg envelope_rg	52.61 Å
形状 Rg shape_rg	51.67 Å
总 Rg total_rg	51.30 Å
总原子数 total_atoms	4702
残基数 n_residues	584
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.6 Å
Rg (实空间) rg_real	50.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	4.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5846
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.661
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1996000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.086; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.027; Smooth: 0.316

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	86.320 Å
晶胞边长 b length_b	49.720 Å
晶胞边长 c length_c	94.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2117
R_work r_work	0.2085
R_free r_free	0.2664

描述 description	Avh146
分子量 formula_weight	68991.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4702

Crystal structure of Phytophthora. sojae PSR2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avh146

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Phytophthora sojae
通用名 common_name	Soybean stem and root rot agent
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	67593
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/gn/5gnc/5gnc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/5gnc/5gnc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/5gnc/5gnc.dat