Homo sapiens
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | 4-{[(1R,2S,3R,5Z,7E,14beta,17alpha)-1,3,25-trihydroxy-9,10-secocholesta-5,7,10-trien-2-yl]oxy}butanenitrile × 1 water × 1 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | VDR_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–47； UniProt 118–164 作者链 A； PDB构建体 48–255； UniProt 216–423 |
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| 条目编号 entry_id | 5gt4 |
| 沉积日期 deposition_date | 2016-08-18 |
| 结构标题 title | Crystal structure of the human vitamin D receptor ligand binding domain complexed with (1R,2S,3R,5Z,7E,14beta,17alpha)-2-cyanopropoxy-9,10-secocholesta-5,7,10-triene-1,3,25-triol |
| 关键词 keywords | nuclear hormone receptor full agonist ligand complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 19.99 Å |
| Rg（电子密度） | 18.72 Å |
| 总 Rg | 19.70 Å |
| 原子数 | 2063 |
| 残基数 | 255 |
| 排除体积 | 37134 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d5gt4a_ |
| 类 Class class | a — All alpha proteins |
| 折叠类型 Fold fold | a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain |
| 超家族 Superfamily superfamily | a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain |
| 家族 Family family | a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain |
| 结构域编号 domain_id | 5gt4A00 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Orthogonal Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 565 — Retinoid X Receptor |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Retinoid X Receptor |