5guw

Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitric oxide reductase subunit C

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–146	片段：Nitric oxide reductase subunit c 突变：K100N	Nitric oxide reductase subunit B × 1 （Q59647） HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–146	片段：Nitric oxide reductase subunit c 突变：K100N	Nitric oxide reductase subunit B × 1 （Q59647） HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5GUW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3O0R Crystal structure of nitric oxide reductase from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2010-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M sodium citrate, 50mM sodium chloride, 20mM magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3WFB Reduced cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100 mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.250
3WFC Reduced and carbonmonoxide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
3WFD Reduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 AXO (1E)-N-hydroxyethanimine × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
3WFE Reduced and cyanide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CYN CYANIDE ION × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.49 Å R-free 0.227
5GUX Cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with xenon 提交 2016-08-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–146（146 aa）片段：UNP residues 5-146, Nitric oxide reductase subunit C	突变：K100N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 XE XENON × 7 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M SODIUM CITRATE, 50mM SODIUM CHLORIDE, 20mM MAGNESIUM CHLORIDE	分辨率 3.30 Å R-free 0.268

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NORC_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 C； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

Nitric oxide reductase subunit B

物种未注明

UniProt Q59647

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–466	片段：Nitric oxide reductase subunit b	Nitric oxide reductase subunit C × 1 （Q59646） HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–466	片段：Nitric oxide reductase subunit b	Nitric oxide reductase subunit C × 1 （Q59646） HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5GUW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3O0R Crystal structure of nitric oxide reductase from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2010-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M sodium citrate, 50mM sodium chloride, 20mM magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3WFB Reduced cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100 mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.250
3WFC Reduced and carbonmonoxide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
3WFD Reduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 AXO (1E)-N-hydroxyethanimine × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
3WFE Reduced and cyanide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CYN CYANIDE ION × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.49 Å R-free 0.227
5GUX Cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with xenon 提交 2016-08-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–466（466 aa）片段：Nitric oxide reductase subunit B	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 XE XENON × 7 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M SODIUM CITRATE, 50mM SODIUM CHLORIDE, 20mM MAGNESIUM CHLORIDE	分辨率 3.30 Å R-free 0.268

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NORB_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–465； UniProt 1–466 作者链 D； PDB构建体 1–465； UniProt 1–466

Nitrite reductase

物种未注明

UniProt P24474

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–568 链 N； UniProt 1–568	片段：cd1 nitrite reductase	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5GUW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BL9 CONFORMATIONAL CHANGES OCCURRING UPON REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-07-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 OH HYDROXIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.233
1GJQ Pseudomonas aeruginosa cd1 nitrite reductase reduced cyanide complex 提交 2001-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 CYN CYANIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；2M NA/K2 PHOSPHATE, 50MM TRIS-HCL, PH 8.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
1HZU DOMAIN SWING UPON HIS TO ALA MUTATION IN NITRITE REDUCTASE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 2001-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）	突变：H327A	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 5000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
1HZV DOMAIN SWING UPON HIS TO ALA MUTATION IN NITRITE REDUCTASE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 2001-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）	突变：H369A	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.83 Å R-free 0.296
1N15 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
1N50 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.246
1N90 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.241
1NIR OXYDIZED NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1997-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 OH HYDROXIDE ION × 2 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM @M NA/K2 PHOSPHATE, 50MM TRIS-HCL, PH 8.4	分辨率 2.15 Å R-free 0.242
1NNO CONFORMATIONAL CHANGES OCCURRING UPON NO BINDING IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-07-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.65 Å R-free 0.243
6TPO Conformation of cd1 nitrite reductase NirS without bound heme d1 提交 2019-12-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 2 HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M Phosphate/citrate pH4.2 40% (v/v) PEG300	分辨率 1.86 Å R-free 0.194
6TSI cd1 nitrite reductase NirS with bound dihydro-heme d1 提交 2019-12-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.9M K2HPO4 0.1M Tris-HCl pH 8	分辨率 2.38 Å R-free 0.280

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIRS_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–568； UniProt 1–568 作者链 N； PDB构建体 1–568； UniProt 1–568

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5guw
沉积日期 deposition_date	2016-08-31
结构标题 title	Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa
关键词 keywords	metal-binding, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nitric oxide reductase subunit C
分子量 formula_weight	16374.6 kDa
突变 mutation	K100N
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	18387

MSETFTKGMARNIYFGGSVFFILLFLALTYHTEKTLPERTNEAAMSAAVVRGKLVWEQNNCVGCHTLLGEGAYFAPELGNVVGRRGGEEGFNTFLQAWMKIQPLNVPGRRAMPQFHLSEGQVDDLAEFLKWSSKIDTNQWPPNKEG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nitric oxide reductase subunit B
分子量 formula_weight	52215.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.2.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MMSPNGSLKFASQAVAKPYFVFALILFVGQILFGLIMGLQYVVGDFLFPAIPFNVARMVHTNLLIVWLLFGFMGAAYYLVPEESDCELYSPKLAWILFWVFAAAGVLTILGYLLVPYAGLARLTGNELWPTMGREFLEQPTISKAGIVIVALGFLFNVGMTVLRGRKTAISMVLMTGLIGLALLFLFSFYNPENLTRDKFYWWWVVHLWVEGVWELIMGAILAFVLVKITGVDREVIEKWLYVIIAMALISGIIGTGHHYFWIGVPGYWLWLGSVFSALEPLPFFAMVLFAFNTINRRRRDYPNRAVALWAMGTTVMAFLGAGVWGFMHTLAPVNYYTHGTQLTAAHGHMAFYGAYAMIVMTIISYAMPRLRGIGEAMDNRSQVLEMWGFWLMTVAMVFITLFLSAAGVLQVWLQRMPADGAAMTFMATQDQLAIFYWLREGAGVVFLIGLVAYLLSFRRGKAAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nitrite reductase
分子量 formula_weight	62736.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.2.1,1.7.99.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

MPFGKPLVGTLLASLTLLGLATAHAKDDMKAAEQYQGAASAVDPAHVVRTNGAPDMSESEFNEAKQIYFQRCAGCHGVLRKGATGKPLTPDITQQRGQQYLEALITYGTPLGMPNWGSSGELSKEQITLMAKYIQHTPPQPPEWGMPEMRESWKVLVKPEDRPKKQLNDLDLPNLFSVTLRDAGQIALVDGDSKKIVKVIDTGYAVHISRMSASGRYLLVIGRDARIDMIDLWAKEPTKVAEIKIGIEARSVESSKFKGYEDRYTIAGAYWPPQFAIMDGETLEPKQIVSTRGMTVDTQTYHPEPRVAAIIASHEHPEFIVNVKETGKVLLVNYKDIDNLTVTSIGAAPFLHDGGWDSSHRYFMTAANNSNKVAVIDSKDRRLSALVDVGKTPHPGRGANFVHPKYGPVWSTSHLGDGSISLIGTDPKNHPQYAWKKVAELQGQGGGSLFIKTHPKSSHLYVDTTFNPDARISQSVAVFDLKNLDAKYQVLPIAEWADLGEGAKRVVQPEYNKRGDEVWFSVWNGKNDSSALVVVDDKTLKLKAVVKDPRLITPTGKFNVYNTQHDVY

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	498.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	HEME D
分子量 formula_weight	712.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5guwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	5guwB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	5guwC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	5guwD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	5guwM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	5guwM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	5guwN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	5guwN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	111.871 Å
晶胞边长 b length_b	128.606 Å
晶胞边长 c length_c	127.807 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.480 Å
R 因子 r_factor	0.2119
R_work r_work	0.2097
R_free r_free	0.2540

Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitric oxide reductase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nitric oxide reductase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nitrite reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (0)