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5gux

Cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with xenon

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitric oxide reductase subunit B

物种未注明

UniProt Q59647

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–466 片段：Nitric oxide reductase subunit B Nitric oxide reductase subunit C × 1 （Q59646） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 XE XENON × 7 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M SODIUM CITRATE, 50mM SODIUM CHLORIDE, 20mM MAGNESIUM CHLORIDE 分辨率 3.30 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5GUX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3O0R Crystal structure of nitric oxide reductase from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2010-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–466（466 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M sodium citrate, 50mM sodium chloride, 20mM magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3WFB Reduced cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–466（466 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100 mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.250
3WFC Reduced and carbonmonoxide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–466（466 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.232
3WFD Reduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–466（466 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 AXO (1E)-N-hydroxyethanimine × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
3WFE Reduced and cyanide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–466（466 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CYN CYANIDE ION × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.49 Å R-free 0.227
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–466（466 aa） 片段：Nitric oxide reductase subunit b
未记录 HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.254
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–466（466 aa） 片段：Nitric oxide reductase subunit b
未记录 HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.254

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NORB_PSEAE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–465； UniProt 1–466

Nitric oxide reductase subunit C

物种未注明

UniProt Q59646

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–146 片段：UNP residues 5-146, Nitric oxide reductase subunit C 突变：K100N Nitric oxide reductase subunit B × 1 （Q59647） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 XE XENON × 7 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M SODIUM CITRATE, 50mM SODIUM CHLORIDE, 20mM MAGNESIUM CHLORIDE 分辨率 3.30 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5GUX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3O0R Crystal structure of nitric oxide reductase from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2010-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–146（146 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M sodium citrate, 50mM sodium chloride, 20mM magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3WFB Reduced cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–146（146 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100 mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.250
3WFC Reduced and carbonmonoxide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–146（146 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.232
3WFD Reduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–146（146 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 AXO (1E)-N-hydroxyethanimine × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
3WFE Reduced and cyanide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–146（146 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CYN CYANIDE ION × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.49 Å R-free 0.227
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–146（146 aa） 片段：Nitric oxide reductase subunit c
突变：K100N HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.254
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–146（146 aa） 片段：Nitric oxide reductase subunit c
突变：K100N HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.254

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NORC_PSEAE
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gux
沉积日期 deposition_date2016-08-31
结构标题 titleCytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with xenon
关键词 keywordsmetal-binding, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5guxB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain
结构域编号 domain_id5guxC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id5guxH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5guxH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5guxL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5guxL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (0)