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5gw9

Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Granulocyte colony-stimulating factor

Homo sapiens

UniProt P09919

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 40–202 片段：UNP residues 40-202 突变：P40S, C47S, A205G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate 分辨率 1.65 Å R-free 0.218
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 40–202 片段：UNP residues 40-202 突变：P40S, C47S, A205G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate 分辨率 1.65 Å R-free 0.218
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 40–202 片段：UNP residues 40-202 突变：P40S, C47S, A205G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate 分辨率 1.65 Å R-free 0.218
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 40–202 片段：UNP residues 40-202 突变：P40S, C47S, A205G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate 分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 40–202 链 C； UniProt 40–202 片段：UNP residues 40-202 突变：P40S, C47S, A205G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate 分辨率 1.65 Å R-free 0.218
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 40–202 链 D； UniProt 40–202 片段：UNP residues 40-202 突变：P40S, C47S, A205G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate 分辨率 1.65 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5GW9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CD9 2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR 提交 1999-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 13–186（174 aa）
链 C 13–186（174 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50
分辨率 2.80 Å R-free 0.319
1GNC STRUCTURE AND DYNAMICS OF THE HUMAN GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY. LOOP MOBILITY IN A FOUR-HELIX-BUNDLE PROTEIN 提交 1994-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 31–207（177 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1PGR 2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR 提交 1999-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 13–186（174 aa）
链 C 13–186（174 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 3.50 Å
1PGR 2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR 提交 1999-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 13–186（174 aa）
链 G 13–186（174 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 3.50 Å
1RHG THE STRUCTURE OF GRANULOCYTE-COLONY-STIMULATING FACTOR AND ITS RELATIONSHIP TO THOSE OF OTHER GROWTH FACTORS 提交 1993-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–207（177 aa）
链 B 31–207（177 aa）
链 C 31–207（177 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
2D9Q Crystal Structure of the Human GCSF-Receptor Signaling Complex 提交 2005-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–204（174 aa） 片段：residues 1-174
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；0.2M ammonium phosphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
5ZO6 Crystal structure of C166, a backbone circularized G-CSF 提交 2018-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 37–205（169 aa） 片段：UNP residues 37-205
突变：C11S, A166G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；sodium acetate trihydrate, sodium chloride dehydrate, PEG 1500, MPD
分辨率 1.70 Å R-free 0.217

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSF3_HUMAN
Isoform P09919-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–163； UniProt 40–202 作者链 B； PDB构建体 1–163； UniProt 40–202 作者链 C； PDB构建体 1–163； UniProt 40–202 作者链 D； PDB构建体 1–163； UniProt 40–202

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5gw9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5gw9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gw9
沉积日期 deposition_date2016-09-09
结构标题 titleCrystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF
关键词 keywordscytokine, four-helix bundle, backbone circulatization; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.06 Å
零角强度 I(0) i076723000.00
分子量 molecular_weight70245.0 kDa
排除体积 excluded_volume88729 ų
包络体积 envelope_volume109380 ų
水化壳体积 shell_volume32996 ų
包络直径 envelope_diameter93.8 Å
壳层 Rg shell_rg34.82 Å
包络 Rg envelope_rg27.96 Å
形状 Rg shape_rg28.04 Å
总 Rg total_rg28.82 Å
总原子数 total_atoms4940
残基数 n_residues652
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.1 Å
Rg (实空间) rg_real28.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real7.6720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal76720000.0000
解质量估计 total_estimate0.9043
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.6 Å
偏度 Skewness skewness0.246
峰度 Kurtosis kurtosis-0.466
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20530000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.871
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5gw9a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.1 — Long-chain cytokines
结构域编号 domain_idd5gw9b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.1 — Long-chain cytokines
结构域编号 domain_idd5gw9c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.1 — Long-chain cytokines
结构域编号 domain_idd5gw9d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.1 — Long-chain cytokines

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5gw9A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id5gw9B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id5gw9C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id5gw9D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)