SAXSdb — 5gy2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus burgeri

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Flagellin × 1 （E0U497） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Flagellin × 1 （E0U497） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B3DIN1_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–373； UniProt 23–390 作者链 B； PDB构建体 6–373； UniProt 23–390

Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus burgeri

UniProt Q4G1L2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Flagellin × 1 （E0U497） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Flagellin × 1 （E0U497） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4G1L2_EPTBU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 374–448； UniProt 126–200 作者链 B； PDB构建体 374–448； UniProt 126–200

Flagellin

Bacillus subtilis subsp. spizizenii strain W23

UniProt E0U497

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B × 1 （B3DIN1,Q4G1L2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B × 1 （B3DIN1,Q4G1L2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E0U497_BACPZ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 7–183； UniProt 54–230 作者链 D； PDB构建体 7–183； UniProt 54–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gy2
沉积日期 deposition_date	2016-09-21
结构标题 title	Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagellin and zebrafish Toll-like receptor 5
关键词 keywords	Bacterial protein Immune receptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5gy2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5gy2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5gy2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.58 Å
Rg（电子密度）	27.45 Å
总 Rg	28.23 Å
原子数	4807
残基数	611
排除体积	85497 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5gy2__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5gy2__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B
分子量 formula_weight	51169.2 kDa
突变 mutation	V24E/L124V/Q159K/R227K/S229T/D334N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10156

ADPGTSECSVIGYNAICINRGLHQVPELPAHVNYVDLSLNSIAELNETSFSRLQDLQFLKVEQQTPGLVIRNNTFRGLSSLIILKLDYNQFLQLETGAFNGLANLEVLTLTQCNLDGAVLSGNFFKPLTSLEMLVLRDNNIKKIQPASFFLNMRRFHVLDLTFNKVKSICEEDLLNFQGKHFTLLRLSSITLQDMNEYWLGWEKCGNPFKNTSITTLDLSGNGFKESMAKRFFDAIAGTKIQSLILSNSYNMGSSFGHTNFKDPDNFTFKGLEASGVKTCDLSKSKIFALLKSVFSHFTDLEQLTLAQNEINKIDDNAFWGLTHLLKLNLSQNFLGSIDSRMFENLDKLEVLDLSYNHIRALGDQSFLGLPNLKELALDTNQLKSVPDGIFDRLTSLQKIWLHTNPWDCSCPRIDYLSRWLNKNSQKEQGSAKCSGSGKPVRSIICPTSASLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Eptatretus burgeri
通用名 common_name	Inshore hagfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7764
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Flagellin
分子量 formula_weight	19254.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSAKDPGQIRGLEMASKNSQDGISLIQTAEGALTETHAILQRMRELTVQAGNTGTQQAEDLGAIKDEMDALIEEIDGISNRTEFNGKKLLDGTNSTDGFTFQIGANAGQQLNVKIDSMSSTALGVNALDVTDFAATAFDDQLKSIDTAINTVSTQRAKLGAVQNRLEHTINNLGASGENLTAA

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. spizizenii strain W23
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	655816
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	465

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5gy2C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5gy2D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	78.146 Å
晶胞边长 b length_b	54.281 Å
晶胞边长 c length_c	165.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1969
R_work r_work	0.1948
R_free r_free	0.2363

Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagellin and zebrafish Toll-like receptor 5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Flagellin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gy2__assembly_1__model_1

5gy2__assembly_1__model_1 | I(q)

5gy2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagellin and zebrafish Toll-like receptor 5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Flagellin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gy2__assembly_1__model_1

5gy2__assembly_1__model_1 | I(q)

5gy2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)