SAXSdb — 5gyr

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cytochrome c' ;

Allochromatium vinosum (strain ATCC 17899 / DSM 180 / NBRC 103801 / NCIMB 10441 / D)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–154 链 B； UniProt 24–154 链 M； UniProt 24–154 链 N； UniProt 24–154	未记录	HEC HEME C × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1mM sodium acetate, 0.2mM ammonium acetate, 30% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 24–154 链 F； UniProt 24–154 链 I； UniProt 24–154 链 J； UniProt 24–154	未记录	HEC HEME C × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1mM sodium acetate, 0.2mM ammonium acetate, 30% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5GYR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BBH ATOMIC STRUCTURE OF A CYTOCHROME C' WITH AN UNUSUAL LIGAND-CONTROLLED DIMER DISSOCIATION AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–154（131 aa）链 B 24–154（131 aa）	未记录	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYCP_ALLVD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–131； UniProt 24–154 作者链 B； PDB构建体 1–131； UniProt 24–154 作者链 E； PDB构建体 1–131； UniProt 24–154 作者链 F； PDB构建体 1–131； UniProt 24–154 作者链 I； PDB构建体 1–131； UniProt 24–154 作者链 J； PDB构建体 1–131； UniProt 24–154 作者链 M； PDB构建体 1–131； UniProt 24–154 作者链 N； PDB构建体 1–131； UniProt 24–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gyr
沉积日期 deposition_date	2016-09-23
结构标题 title	Tetrameric Allochromatium vinosum cytochrome c'
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.35 Å
零角强度 I(0) i0	219009000.00
分子量 molecular_weight	115250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	142690 Å³
包络体积 envelope_volume	190100 Å³
水化壳体积 shell_volume	47335 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.25 Å
包络 Rg envelope_rg	32.95 Å
形状 Rg shape_rg	33.35 Å
总 Rg total_rg	33.88 Å
总原子数 total_atoms	8080
残基数 n_residues	1048
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	219000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.133
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	38850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.782

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Cytochrome c' ;
分子量 formula_weight	13806.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J,M,N
原子数 atom_count	8888

AGLSPEEQIETRQAGYEFMGWNMGKIKANLEGEYNAAQVEAAANVIAAIANSGMGALYGPGTDKNVGDVKTRVKPEFFQNMEDVGKIAREFVGAANTLAEVAATGEAEAVKTAFGDVGAACKSCHEKYRAK

来源 Source

来源生物 organism	Allochromatium vinosum (strain ATCC 17899 / DSM 180 / NBRC 103801 / NCIMB 10441 / D)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	572477
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	808

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5gyra_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

结构域编号 domain_id	d5gyrb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

结构域编号 domain_id	d5gyre_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

结构域编号 domain_id	d5gyrf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

结构域编号 domain_id	d5gyri_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

结构域编号 domain_id	d5gyrj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

结构域编号 domain_id	d5gyrm_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

结构域编号 domain_id	d5gyrn_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	82.949 Å
晶胞边长 b length_b	48.620 Å
晶胞边长 c length_c	130.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	41.400 Å
R 因子 r_factor	0.2055
R_work r_work	0.2041
R_free r_free	0.2323

fit	/app/data/saxs_computation/gy/5gyr/5gyr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gy/5gyr/5gyr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gy/5gyr/5gyr.dat

Tetrameric Allochromatium vinosum cytochrome c'

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cytochrome c' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction