SAXSdb — 5h58

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CprB

Streptomyces coelicolor A3(2)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	;DNA (5'-D(APGPGPCAPGPGPCPGPGPCPAPCPGPGPTPCPTPGPTPTPGPAPGPTPTPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPACPTPCPAPAPCPAPGPAPCPCPGPTPGPCPCPGPCPCPTPGPCPCPT)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O66122_STRCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215 作者链 B； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215 作者链 C； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215 作者链 D； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5h58
沉积日期 deposition_date	2016-11-04
结构标题 title	Structural and dynamics studies of the TetR family protein, CprB from Streptomyces coelicolor in complex with its biological operator sequence
关键词 keywords	;TetR-FTR, CprB-DNA complex, quorum sensing, N-terminal, Streptomyces coelicolor, gamma-butyrolactone receptors, TRANSCRIPTION-DNA complex ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5h58__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5h58__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5h58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.34 Å
Rg（电子密度）	39.29 Å
总 Rg	39.45 Å
原子数	6885
残基数	833
排除体积	119240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5h58__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CprB
分子量 formula_weight	23719.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6885

MARQLRAEQTRATIIGAAADLFDRRGYESTTLSEIVAHAGVTKGALYFHFAAKEDLAHAILEIQSRTSRRLAKDLDGRGYSSLEALMRLTFGMARLCVQGPVLRAGLRLATAGVPVRPPLPHPFTEWREIATSRLLDAVRQSDVHQDIDVDSVAHTLVCSVVGTRVVGGTLEPAGREPRRLAEMWYILIRGMVPVTRRARYVTLAARLEQETGTA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPGPCAPGPGPCPGPGPCPAPCPGPGPTPCPTPGPTPTPGPAPGPTPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	8389.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AGGCAGGCGGCACGGTCTGTTGAGTTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPACPTPCPAPAPCPAPGPAPCPCPGPTPGPCPCPGPCPCPTPGPCPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	8207.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GAACTCAACAGACCGTGCCGCCTGCCT

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5h58A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	357 — Tetracycline Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetracycline Repressor, domain 2

结构域编号 domain_id	5h58B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	357 — Tetracycline Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetracycline Repressor, domain 2

结构域编号 domain_id	5h58C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	357 — Tetracycline Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetracycline Repressor, domain 2

结构域编号 domain_id	5h58D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	357 — Tetracycline Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetracycline Repressor, domain 2

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晶胞边长 a length_a	149.810 Å
晶胞边长 b length_b	149.810 Å
晶胞边长 c length_c	70.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.991 Å
最低分辨率 resolution_low	40.249 Å
R 因子 r_factor	0.2215
R_work r_work	0.2166
R_free r_free	0.2816

Structural and dynamics studies of the TetR family protein, CprB from Streptomyces coelicolor in complex with its biological operator sequence

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CprB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5h58__assembly_1__model_1

5h58__assembly_1__model_1 | I(q)

5h58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural and dynamics studies of the TetR family protein, CprB from Streptomyces coelicolor in complex with its biological operator sequence

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CprB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5h58__assembly_1__model_1

5h58__assembly_1__model_1 | I(q)

5h58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)