5hhe

Human Beclin 1 coiled-coil domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 139.5 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beclin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 175–265	片段：UNP entries 175-265	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7.5；293 K；39% 2-methyl-2, 4-pentadiol, 9% PEG400 and 100 mM Tris buffer, pH 7.5.	分辨率 1.46 Å R-free 0.208
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 175–265	片段：UNP entries 175-265	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7.5；293 K；39% 2-methyl-2, 4-pentadiol, 9% PEG400 and 100 mM Tris buffer, pH 7.5.	分辨率 1.46 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5HHE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
13BV Cryo-EM structure of human PI3KC3-C1 complex 提交 2026-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–450（450 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.77 Å
2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 107–135（29 aa）片段：Beclin 1	突变：BH3 domain (residues 107-135)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 107–135（29 aa）片段：Beclin 1	突变：BH3 domain (residues 107-135)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 107–135（29 aa）片段：Beclin 1	突变：BH3 domain (residues 107-135)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 107–135（29 aa）片段：Beclin 1	突变：BH3 domain (residues 107-135)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B 107–135（29 aa）片段：Beclin 1 链 D 107–135（29 aa）片段：Beclin 1 链 F 107–135（29 aa）片段：Beclin 1 链 H 107–135（29 aa）片段：Beclin 1	突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 107–135（29 aa）片段：Beclin 1 链 H 107–135（29 aa）片段：Beclin 1	突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 107–135（29 aa）片段：Beclin 1 链 D 107–135（29 aa）片段：Beclin 1	突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
2PON Solution structure of the Bcl-xL/Beclin-1 complex 提交 2007-04-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–23（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM potassium phosphate；压力 1 NMR样品组成 1.5mM unlabelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 99.9% D2O; 50mM potassium phosphate \| 99.9% D2O NMR样品组成 1.5mM uniformly 15N labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM uniformly 15N/13C labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 99.9% D2O; 50mM potassium phosphate \| 99.9% D2O NMR样品组成 1.5mM 80% deuterated, uniformly 15N/13C labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM 100% deuterated, uniformly 15N labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3DVU Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and the Beclin 1 BH3 domain 提交 2008-07-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 105–130（26 aa）片段：BH3 domain, residues 105-130	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, 10mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
3DVU Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and the Beclin 1 BH3 domain 提交 2008-07-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 105–130（26 aa）片段：BH3 domain, residues 105-130	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, 10mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
4DDP crystal structure of Beclin 1 evolutionarily conserved domain(ECD) 提交 2012-01-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 241–450（210 aa）片段：UNP residues 241-450	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 3350, 0.3M NaCl, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.55 Å R-free 0.203
4MI8 Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide 提交 2013-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 107–130（24 aa）片段：UNP residues 107-130	突变：G120E, D121A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 8% 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
4MI8 Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide 提交 2013-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 107–130（24 aa）片段：UNP residues 107-130	突变：G120E, D121A	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 8% 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
4MI8 Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide 提交 2013-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 107–130（24 aa）片段：UNP residues 107-130 链 D 107–130（24 aa）片段：UNP residues 107-130	突变：G120E, D121A 突变：G120E, D121A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 8% 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
5EFM Beclin 1 Flexible-helical Domian (FHD) (141-171) 提交 2015-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 141–171（31 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；293 K；250mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 2.2 M ammonium sulfate, 100mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6)	分辨率 1.95 Å R-free 0.216
5VAU Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 105–130（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.215
5VAU Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 105–130（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.215
5VAU Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 105–130（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.215
5VAU Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 105–130（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.215
5VAX Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 105–130（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；bis-tris chloride, pH 4.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
5VAX Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 105–130（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；bis-tris chloride, pH 4.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
5VAX Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 105–130（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；bis-tris chloride, pH 4.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
5VAX Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 105–130（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；bis-tris chloride, pH 4.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
5VAY Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 105–130（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
5VAY Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 105–130（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
5VAY Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 105–130（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
5VAY Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain 提交 2017-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 105–130（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
6DCN Bcl-xL complex with Beclin 1 BH3 domain T108pThr 提交 2018-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 105–130（26 aa）链 D 105–130（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M NaCl, 10% glycerol	分辨率 2.44 Å R-free 0.229
6DCN Bcl-xL complex with Beclin 1 BH3 domain T108pThr 提交 2018-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 105–130（26 aa）链 D 105–130（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M NaCl, 10% glycerol	分辨率 2.44 Å R-free 0.229
6DCO Bcl-xL complex with Beclin 1 BH3 domain T108D 提交 2018-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 105–130（26 aa）链 D 105–130（26 aa）	突变：T108D 突变：T108D	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Tris pH 7.0, 0.2M MgCl2, 2.5M NaCl	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 93–102（10 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000	分辨率 1.14 Å R-free 0.166
6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 93–102（10 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000	分辨率 1.14 Å R-free 0.166
6HOJ Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAP 提交 2018-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 93–105（13 aa）链 B 93–105（13 aa）链 C 93–105（13 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG 4000, 50 mM Bicine pH 8.8	分辨率 1.51 Å R-free 0.211
6HOK Structure of Beclin1 LIR (S96E) motif bound to GABARAP 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 93–105（13 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6 M ammonium sulfate, 100 mM TRIS pH 8.5, 10 % Glycerol	分辨率 1.61 Å R-free 0.198
7BL1 human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2021-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 EEE 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 20, blot time 6 s	分辨率 9.80 Å
9C82 Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 提交 2024-06-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；added 0.05% (w/v) octylglucopyranoside as surfactant	分辨率 6.84 Å
9MHF Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L) 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
9MHG Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05% cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；100% humidity, 3 s wait time, blot force -15	分辨率 3.20 Å
9MHH PI3KC3-C1 in complex with RAB1A. VPS34 kinase domain active conformation 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05% cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
9RX5 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-AAAA-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.15 Å
9RX6 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-ERIR-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.52 Å
9RX8 Apo VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.87 Å
9RX9 VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS34 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.99 Å
9RXA VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.00 Å
9RXB VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS34 and VPS15 subunits 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.03 Å
9S47 Human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2025-07-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 9.88 Å
9ZPC Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 提交 2025-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–450（450 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
9ZPD Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 in complex with Rubicon Middle Region of C terminus 提交 2025-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–450（450 aa）链 E 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

共 29 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BECN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–91； UniProt 175–265 作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 175–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hhe
沉积日期 deposition_date	2016-01-10
结构标题 title	Human Beclin 1 coiled-coil domain
关键词 keywords	autophagy regulator, coiled-coil domain, anti-parallel dimer, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.90 Å
零角强度 I(0) i0	9344750.00
分子量 molecular_weight	22425.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27585 Å³
包络体积 envelope_volume	48404 Å³
水化壳体积 shell_volume	12873 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.1 Å
壳层 Rg shell_rg	33.80 Å
包络 Rg envelope_rg	40.65 Å
形状 Rg shape_rg	40.81 Å
总 Rg total_rg	40.53 Å
总原子数 total_atoms	1574
残基数 n_residues	186
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.5 Å
Rg (实空间) rg_real	39.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3450e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9338000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6429
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.638
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.317
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	679800.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.314; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.256; Smooth: 0.161

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5hheA00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3110 —

结构域编号 domain_id	5hheD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3110 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.200 Å
晶胞边长 b length_b	71.575 Å
晶胞边长 c length_c	58.446 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.460 Å
最低分辨率 resolution_low	40.150 Å
R 因子 r_factor	0.1733
R_work r_work	0.1715
R_free r_free	0.2081

描述 description	Beclin-1
分子量 formula_weight	11286.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	1837

Human Beclin 1 coiled-coil domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beclin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	255

fit	/app/data/saxs_computation/hh/5hhe/5hhe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hh/5hhe/5hhe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hh/5hhe/5hhe.dat