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5hlt

Crystal structure of pyrene- and phenanthrene-modified DNA in complex with the BpuJ1 endonuclease binding domain

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Restriction endonuclease R.BpuJI

Bacillus pumilus

UniProt A3FMN7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 ;DNA (5'-D(*GP*YPY*TP*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*YPY*C)-3') ; × 1 water × 2 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 ;DNA (5'-D(*GP*YPY*TP*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*YPY*C)-3') ; × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2vla 5hlt 5hlt 5hnf 5hnh

共 5 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A3FMN7_BACPU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–288； UniProt 1–285 作者链 B； PDB构建体 4–288； UniProt 1–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5hlt
沉积日期 deposition_date2016-01-15
结构标题 titleCrystal structure of pyrene- and phenanthrene-modified DNA in complex with the BpuJ1 endonuclease binding domain
关键词 keywordsPhenanthrene, Pyrene, DNA, Endonuclease, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5hlt__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5hlt__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5hlt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）20.45 Å
Rg（电子密度）19.39 Å
总 Rg20.26 Å
原子数2662
残基数300
排除体积46032 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5hlt__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5hlt__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5hltA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2080 —
结构域编号 domain_id5hltA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 —
结构域编号 domain_id5hltA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2090 —
结构域编号 domain_id5hltB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2080 —
结构域编号 domain_id5hltB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 —
结构域编号 domain_id5hltB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2090 —
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7. 引用文献 (1)