SAXSdb — 5hyn

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EZH2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–746； UniProt 1–746 作者链 F； PDB构建体 1–746； UniProt 1–746 作者链 K； PDB构建体 1–746； UniProt 1–746 作者链 Q； PDB构建体 1–746； UniProt 1–746

Polycomb protein EED

Homo sapiens

UniProt O75530

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EED_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–367； UniProt 77–441 作者链 G； PDB构建体 3–367； UniProt 77–441 作者链 L； PDB构建体 3–367； UniProt 77–441 作者链 R； PDB构建体 3–367； UniProt 77–441

Polycomb protein SUZ12

Homo sapiens

UniProt Q15022

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） H3K27M × 1 JARID2 K116me3 × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） H3K27M × 1 ZINC ION × 8 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUZ12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–129； UniProt 558–685 作者链 H； PDB构建体 2–129； UniProt 558–685 作者链 M； PDB构建体 2–129； UniProt 558–685 作者链 S； PDB构建体 2–129； UniProt 558–685

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hyn
沉积日期 deposition_date	2016-02-01
结构标题 title	Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide
关键词 keywords	chromatin modification complex, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5hyn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5hyn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5hyn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.60 Å
Rg（电子密度）	34.03 Å
总 Rg	34.66 Å
原子数	8867
残基数	1090
排除体积	156990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5hyn__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5hyn__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5hyn__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5hyn__assembly_4__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5hyn__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5hyn__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`5hyn__assembly_7__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`5hyn__assembly_8__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
分子量 formula_weight	85492.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,K,Q
原子数 atom_count	35028

MGQTGKKSEKGPVCWRKRVKSEYMRLRQLKRFRRADEVKSMFSSNRQKILERTEILNQEWKQRRIQPVHILTSVSSLRGTRECSVTSDLDFPTQVIPLKTLNAVASVPIMYSWSPLQQNFMVEDETVLHNIPYMGDEVLDQDGTFIEELIKNYDGKVHGDRECGFINDEIFVELVNALGQYNDDDDDDDGDDPEEREEKQKDLEDHRDDKESRPPRKFPSDKIFEAISSMFPDKGTAEELKEKYKELTEQQLPGALPPECTPNIDGPNAKSVQREQSLHSFHTLFCRRCFKYDCFLHPFHATPNTYKRKNTETALDNKPCGPQCYQHLEGAKEFAAALTAERIKTPPKRPGGRRRGRLPNNSSRPSTPTINVLESKDTDSDREAGTETGGENNDKEEEEKKDETSSSSEANSRCQTPIKMKPNIEPPENVEWSGAEASMFRVLIGTYYDNFCAIARLIGTKTCRQVYEFRVKESSIIAPAPAEDVDTPPRKKKRKHRLWAAHCRKIQLKKDGSSNHVYNYQPCDHPRQPCDSSCPCVIAQNFCEKFCQCSSECQNRFPGCRCKAQCNTKQCPCYLAVRECDPDLCLTCGAADHWDSKNVSCKNCSIQRGSKKHLLLAPSDVAGWGIFIKDPVQKNEFISEYCGEIISQDEADRRGKVYDKYMCSFLFNLNNDFVVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVMMVNGDHRIGIFAKRAIQTGEELFFDYRYSQADALKYVGIEREMEIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polycomb protein EED
分子量 formula_weight	42314.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,L,R

GSKCKYSFKCVNSLKEDHNQPLFGVQFNWHSKEGDPLVFATVGSNRVTLYECHSQGEIRLLQSYVDADADENFYTCAWTYDSNTSHPLLAVAGSRGIIRIINPITMQCIKHYVGHGNAINELKFHPRDPNLLLSVSKDHALRLWNIQTDTLVAIFGGVEGHRDEVLSADYDLLGEKIMSCGMDHSLKLWRINSKRMMNAIKESYDYNPNKTNRPFISQKIHFPDFSTRDIHRNYVDCVRWLGDLILSKSCENAIVCWKPGKMEDDIDKIKPSESNVTILGRFDYSQCDIWYMRFSMDFWQKMLALGNQVGKLYVWDLEVEDPHKAKCTTLTHHKCGAAIRQTSFSRDSSILIAVCDDASIWRWDRLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polycomb protein SUZ12
分子量 formula_weight	15249.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H,M,S

GSSGHNRLYFHSDTCLPLRPQEMEVDSEDEKDPEWLREKTITQIEEFSDVNEGEKEVMKLWNLHVMKHGFIADNQMNHACMLFVENYGQKIIKKNLCRNFMLHLVSMHDFNLISIMSIDKAVTKLREMQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	H3K27M
分子量 formula_weight	1234.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I,O,T

ATKAARMSAPATG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	JARID2 K116me3
分子量 formula_weight	1505.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J,P,U

RLQAQRKFAQSQ

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5hynB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5hynG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5hynL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5hynR00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

▶

晶胞边长 a length_a	131.640 Å
晶胞边长 b length_b	171.510 Å
晶胞边长 c length_c	274.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	95.013 Å
R 因子 r_factor	0.2218
R_work r_work	0.2191
R_free r_free	0.2733

Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycomb protein EED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycomb protein SUZ12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hyn__assembly_1__model_1

5hyn__assembly_1__model_1 | I(q)

5hyn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein EED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein SUZ12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hyn__assembly_1__model_1

5hyn__assembly_1__model_1 | I(q)

5hyn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)