5hys

Structure of IgE complexed with omalizumab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 153.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig epsilon chain C region

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 209–428 链 I； UniProt 209–428	片段：Ig-like 3 and Ig-like 4 domains, residues 209-428 突变：C328A, G335C	Epididymis luminal protein 214 × 2 Uncharacterized protein × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 SO4 SULFATE ION × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 41% PEG 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.239
2	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 209–428 链 K； UniProt 209–428	片段：Ig-like 3 and Ig-like 4 domains, residues 209-428 突变：C328A, G335C	Epididymis luminal protein 214 × 2 Uncharacterized protein × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 SO4 SULFATE ION × 26	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 41% PEG 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5HYS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F6A Structure of the human ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri(alpha) 提交 2000-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 211–428（218 aa）片段：C(EPSILON)3-C(EPSILON)4 DOMAINS 链 D 211–428（218 aa）片段：C(EPSILON)3-C(EPSILON)4 DOMAINS	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；Ammonium Sulfate, Tris, CHAPS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.50 Å R-free 0.273
1FP5 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE HUMAN IGE-FC CEPSILON3-CEPSILON4 FRAGMENT. 提交 2000-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 357–574（218 aa）片段：CEPSILON3-CEPSILON4	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；PEG 4000, sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1G84 THE SOLUTION STRUCTURE OF THE C EPSILON2 DOMAIN FROM IGE 提交 2000-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–210（105 aa）片段：C EPSILON2	突变：C16S, C104S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 1 NMR样品组成 2mM Ce2 U-15N,13C \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.4mM Ce2 U-15N \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2WQR The high resolution crystal structure of IgE Fc 提交 2009-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 105–427（323 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 105-427 链 B 105–427（323 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 105-427	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；291 K；THE PROTEIN CONCENTRATION WAS 1.9 MG/ML. CRYSTALS GREW AT 18 DEGREES C WITH 14% PEG 8000, 200MM LITHIUM SULPHATE, 100MM TRIS-HCL PH 8.5 AS PRECIPITANT.	分辨率 1.90 Å R-free 0.234
2Y7Q THE HIGH-AFFINITY COMPLEX BETWEEN IGE AND ITS RECEPTOR FC EPSILON RI 提交 2011-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 104–428（325 aa）片段：FC FRAGMENT COMPRISING DOMAINS CEPSILON2-4, RESIDUES 104-427 链 D 104–428（325 aa）片段：FC FRAGMENT COMPRISING DOMAINS CEPSILON2-4, RESIDUES 104-427	突变：YES 突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 2.8M SODIUM ACETATE PH 7.	分辨率 3.40 Å R-free 0.292
3H9Y Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.23 Å R-free 0.262
3H9Y Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q	NH4 AMMONIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.23 Å R-free 0.262
3H9Z Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter of well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.277
3H9Z Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter of well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.277
3HA0 Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
3HA0 Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
3HA0 Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 F 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
4EZM Crystal structure of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；3% PEG 8,000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.283
4EZM Crystal structure of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；3% PEG 8,000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.283
4EZM Crystal structure of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428 链 F 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；3% PEG 8,000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.283
4GKO Crystal structure of the calcium2+-bound human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 16% PEG 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
4GKO Crystal structure of the calcium2+-bound human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 16% PEG 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
4GKO Crystal structure of the calcium2+-bound human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 F 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 16% PEG 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
4GRG Crystal structure of IgE complexed with E2_79, an anti-IgE inhibitor 提交 2012-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 210–428（219 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 3 AND 4, RESIDUES 210-428 链 D 210–428（219 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 3 AND 4, RESIDUES 210-428	突变：G216C 突变：G216C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2, 5% (w/v) PEG-3000, 25% (v/v) 1,2-propanediol, 10% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.24 Å R-free 0.338
4GT7 An engineered disulfide bond reversibly traps the IgE-Fc3-4 in a closed, non-receptor binding conformation 提交 2012-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 210–426（217 aa）片段：IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426) 链 B 210–426（217 aa）片段：IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426)	突变：C328A, G335C 突变：C328A, G335C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；20 mM sodium acetate, pH 4.6, 28.8% (w/v) PEG 4000, 2% (w/v) Anapoe -X-405, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.61 Å R-free 0.253
4GT7 An engineered disulfide bond reversibly traps the IgE-Fc3-4 in a closed, non-receptor binding conformation 提交 2012-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 210–426（217 aa）片段：IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426) 链 D 210–426（217 aa）片段：IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426)	突变：C328A, G335C 突变：C328A, G335C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；20 mM sodium acetate, pH 4.6, 28.8% (w/v) PEG 4000, 2% (w/v) Anapoe -X-405, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.61 Å R-free 0.253
4J4P The complex of human IgE-Fc with two bound Fab fragments 提交 2013-02-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 105–427（323 aa）链 B 105–427（323 aa）	突变：N265Q, N371Q 突变：N265Q, N371Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；291 K；PEG 3350, sodium citrate, bis-tris propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.91 Å R-free 0.284
4KI1 Primitive triclinic crystal form of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2013-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–428（220 aa）片段：HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KI1 Primitive triclinic crystal form of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2013-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 209–428（220 aa）片段：HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
5ANM Crystal structure of IgE Fc in complex with a neutralizing antibody 提交 2015-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 211–428（218 aa）片段：FC DOMAIN, CE3-CE4, RESIDUES 211-428	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM MGCL2, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.0 AND 15% PEG 4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.260
5ANM Crystal structure of IgE Fc in complex with a neutralizing antibody 提交 2015-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 211–428（218 aa）片段：FC DOMAIN, CE3-CE4, RESIDUES 211-428 链 F 211–428（218 aa）片段：FC DOMAIN, CE3-CE4, RESIDUES 211-428	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM MGCL2, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.0 AND 15% PEG 4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.260
5LGJ THE CRYSTAL STRUCTURE OF IGE FC MUTANT - P333C 提交 2016-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–426（319 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；16% w/v PEG 8,000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
5LGJ THE CRYSTAL STRUCTURE OF IGE FC MUTANT - P333C 提交 2016-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–427（320 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；16% w/v PEG 8,000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
5LGK Crystal structure of the human IgE-Fc bound to its B cell receptor derCD23 提交 2016-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 114–421（308 aa）链 B 114–421（308 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8,000, 0.1 M sodium citrate, 0.05 M ammonium sulfate	分辨率 3.50 Å R-free 0.278
5LGK Crystal structure of the human IgE-Fc bound to its B cell receptor derCD23 提交 2016-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 114–421（308 aa）链 D 114–421（308 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8,000, 0.1 M sodium citrate, 0.05 M ammonium sulfate	分辨率 3.50 Å R-free 0.278
5MOI Crystal structure of human IgE-Fc epsilon 3-4 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–428（220 aa）链 B 209–428（220 aa）链 C 209–428（220 aa）链 D 209–428（220 aa）链 E 209–428（220 aa）链 F 209–428（220 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% (v/v) PEG1500, 0.1M SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate and glycine in the ratio 2:7:7)	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
5MOJ Crystal structure of IgE-Fc epsilon 3-4 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–428（220 aa）链 B 209–428（220 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG 4000 0.15M Ammonium Sulphate 0.1M MES	分辨率 2.26 Å R-free 0.236
5MOK Crystal structure of human IgE-Fc epsilon 3-4 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–428（220 aa）链 B 209–428（220 aa）链 C 209–428（220 aa）链 D 209–428（220 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% (v/v) PEG1500 0.1M SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate and glycine in the ratio 2:7:7) at pH 6.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
5MOL Human IgE-Fc crystal structure 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 104–428（325 aa）链 B 104–428（325 aa）	未记录	PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 AE3 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris HCL pH 8.5 25% PEG 550 MME	分辨率 1.75 Å R-free 0.232
5NQW IgE-Fc in complex with single domain antibody 026 提交 2017-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 215–426（212 aa）链 B 215–426（212 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M imidazole pH 7.0 11-12 % polyethylene glycol 20.000	分辨率 3.40 Å R-free 0.241
6EYO Structure of extended IgE-Fc in complex with two anti-IgE Fabs 提交 2017-11-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 104–428（325 aa）链 B 104–428（325 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.1M Tris-HCl pH8.0 and 45% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4PO/OH)	分辨率 3.70 Å R-free 0.288
6UQR Complex of IgE and Ligelizumab 提交 2019-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 D 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；287.15 K；0.2M Na Thiocyanate pH 6.9, 20% PEG3350, 10 mM Spermidine	分辨率 3.65 Å R-free 0.295
7MXI IgE-Fc in complex with DARPins E2_79 and E3_53 提交 2021-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；E3_53, E2_79, and IgE-Fc3-4 were mixed in equimolar ratios with E3_53 and E2_79, and intact complexes were purified by SEC in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50mM NaCl and concentrated to 7mg/ml and mixed 1:1 with acetate buffer pH 4.6, 43% ethylene glycol w/v in hanging drops	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
7SHT Structure of a partially disrupted IgE high affinity receptor complex bound to an omalizumab variant 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 109–428（320 aa）链 D 109–428（320 aa）	突变：G335C 突变：G335C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.29 Å
7SHU IgE-Fc in complex with omalizumab variant C02 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 209–426（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate citrate pH 4.2, 20% (w/v) PEG 1000	分辨率 2.75 Å R-free 0.275
7SHU IgE-Fc in complex with omalizumab variant C02 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–426（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate citrate pH 4.2, 20% (w/v) PEG 1000	分辨率 2.75 Å R-free 0.275
7SHY IgE-Fc in complex with omalizumab scFv 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 H 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.02 M Magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% (w/v) Polyacrylic acid 5100 sodium salt	分辨率 3.00 Å R-free 0.230
7SHY IgE-Fc in complex with omalizumab scFv 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.02 M Magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% (w/v) Polyacrylic acid 5100 sodium salt	分辨率 3.00 Å R-free 0.230
7SHZ IgE-Fc in complex with HAE 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 8% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.235
7SHZ IgE-Fc in complex with HAE 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 H 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 8% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.235
7SI0 IgE-Fc in complex with 813 提交 2021-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M CAPS pH 10.5, 40%(v/v) MPD	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
7SI0 IgE-Fc in complex with 813 提交 2021-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 H 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M CAPS pH 10.5, 40%(v/v) MPD	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
8C1B Focused map for structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 108–423（316 aa）链 X 108–423（316 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8C1C Structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 1–423（423 aa）链 X 1–423（423 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8Z0T Structure of the human ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon) 提交 2024-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 106–428（323 aa）链 E 106–428（323 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å

共 33 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGHE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 4–223； UniProt 209–428 作者链 I； PDB构建体 4–223； UniProt 209–428 作者链 J； PDB构建体 4–223； UniProt 209–428 作者链 K； PDB构建体 4–223； UniProt 209–428

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hys
沉积日期 deposition_date	2016-02-01
结构标题 title	Structure of IgE complexed with omalizumab
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.10 Å
零角强度 I(0) i0	1359900000.00
分子量 molecular_weight	293160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	361230 Å³
包络体积 envelope_volume	532790 Å³
水化壳体积 shell_volume	91076 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.6 Å
壳层 Rg shell_rg	54.04 Å
包络 Rg envelope_rg	46.39 Å
形状 Rg shape_rg	48.09 Å
总 Rg total_rg	48.31 Å
总原子数 total_atoms	20567
残基数 n_residues	2604
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.1 Å
Rg (实空间) rg_real	48.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5450e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1360000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8886
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	88050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.754

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Epididymis luminal protein 214
分子量 formula_weight	23653.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A,C,E
原子数 atom_count	20626

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAVSGYSITSGYSWNWIRQAPGKGLEWVASITYDGSTNYNPSVKGRITISRDDSKNTFYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSHYFGHWHFAVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	23922.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B,D,F

DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVDYDGDSYMNWYQQKPGKAPKLLIYAASYLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSHEDPYTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ig epsilon chain C region
分子量 formula_weight	25637.8 kDa
突变 mutation	C328A, G335C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,J,K

ADPAADSNPRCVSAYLSRPSPFDLFIRKSPTITCLVVDLAPSKGTVNLTWSRASGKPVNHSTRKEEKQRNGTLTVTSTLPVGTRDWIEGETYQCRVTHPHLPRALMRSTTKTSGPRAAPEVYAFATPEWPGSRDKRTLACLIQNFMPEDISVQWLHNEVQLPDARHSTTQPRKTKGSGFFVFSRLEVTRAEWEQKDEFICRAVHEAASPSQTVQRAVSVNPGKAADDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	48

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	59

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 44 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d5hysa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hysb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hysd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hyse_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hysf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysg1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysg2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysi1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysi2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysj1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysj2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysk1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysk2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5hysl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hysl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	5hysA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hysL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	100.103 Å
晶胞边长 b length_b	107.143 Å
晶胞边长 c length_c	151.043 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	37.607 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2390

Structure of IgE complexed with omalizumab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig epsilon chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 44 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/hy/5hys/5hys.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hy/5hys/5hys.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hy/5hys/5hys.dat