5hzs

Crystal structure of Dronpa-Co2+

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fluorescent protein Dronpa

Echinophyllia sp. SC22

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	COBALT (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5TLG6_9CNID
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 2–218 作者链 B； PDB构建体 1–215； UniProt 2–218 作者链 C； PDB构建体 1–212； UniProt 2–218 作者链 D； PDB构建体 1–212； UniProt 2–218 作者链 E； PDB构建体 1–212； UniProt 2–218 作者链 F； PDB构建体 1–215； UniProt 2–218 作者链 G； PDB构建体 1–215； UniProt 2–218 作者链 H； PDB构建体 1–215； UniProt 2–218 作者链 I； PDB构建体 1–215； UniProt 2–218 作者链 J； PDB构建体 1–215； UniProt 2–218 作者链 K； PDB构建体 1–215； UniProt 2–218 作者链 L； PDB构建体 1–215； UniProt 2–218

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hzs
沉积日期 deposition_date	2016-02-03
结构标题 title	Crystal structure of Dronpa-Co2+
关键词 keywords	Fluorescent Protein, LUMINESCENT PROTEIN; LUMINESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5hzs__assembly_8__model_1

Assembly 8 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5hzs__assembly_8__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5hzs__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.55 Å
Rg（电子密度）	16.43 Å
总 Rg	17.49 Å
原子数	1729
残基数	213
排除体积	30629 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5hzs__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5hzs__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5hzs__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5hzs__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5hzs__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5hzs__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`5hzs__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`5hzs__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`5hzs__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`5hzs__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`5hzs__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`5hzs__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fluorescent protein Dronpa
分子量 formula_weight	24654.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	22118

SVIKPDMKIKLRMEGAVNGHPFAIEGVGLGKPFEGKQSMDLKVKEGGPLPFAYDILTTVFXNRVFAKYPENIVDYFKQSFPEGYSWERSMNYEDGGICNATNDITLDGDCYIYEIRFDGVNFPANGPVMQKRTVKWEPSTEKLYVRDGVLKGDVNMALSLEGGGHYRCDFKTTYKAKKVVQLPDYHFVDHHIEIKSHDKDYSNVNLHEHAEAHSE

来源 Source

来源生物 organism	Echinophyllia sp. SC22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301887
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1346

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d5hzsa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzse_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hzsl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5hzsA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	5hzsL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

▶

晶胞边长 a length_a	72.330 Å
晶胞边长 b length_b	105.479 Å
晶胞边长 c length_c	109.776 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	115.79 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.95 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.170 Å
最低分辨率 resolution_low	29.570 Å
R 因子 r_factor	0.1689
R_work r_work	0.1659
R_free r_free	0.2254

Crystal structure of Dronpa-Co2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fluorescent protein Dronpa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hzs__assembly_8__model_1

5hzs__assembly_8__model_1 | I(q)

5hzs__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Dronpa-Co2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fluorescent protein Dronpa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hzs__assembly_8__model_1

5hzs__assembly_8__model_1 | I(q)

5hzs__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)