SAXSdb — 5hzy

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein RavZ

Legionella pneumophila subsp. pneumophila strain Philadelphia 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 49–502	片段：UNP residues 49-502 突变：C258S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.8M Sodium Acetate trihydrate, 200mM NaCl	分辨率 2.55 Å R-free 0.213
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 49–502	片段：UNP residues 49-502 突变：C258S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.8M Sodium Acetate trihydrate, 200mM NaCl	分辨率 2.55 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5HZY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5CQC Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 10–458（449 aa）	未记录	BA BARIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277.15 K；12% PEG 3350, 0.2 M BaCl2, 0.1 M MES	分辨率 2.98 Å R-free 0.250
5IO3 Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - I422 提交 2016-03-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–502（502 aa）	突变：C258S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；2.2M NaCl, 28% PEG 3350, 0.1M Imidazole pH6.5	分辨率 2.74 Å R-free 0.287
5IZV Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - F222 提交 2016-03-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–502（502 aa）	突变：C258S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.227
5IZV Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - F222 提交 2016-03-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–502（502 aa）	突变：C258S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.227
5IZV Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - F222 提交 2016-03-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–502（502 aa）	突变：C258S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.227
5IZV Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - F222 提交 2016-03-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–502（502 aa）	突变：C258S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.227
5MS2 Crystal structure of the Legionella pneumophila effector protein RavZ in complex with human LC3B 提交 2016-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；0.17 M ammonium acetate, 0.085M tri sodium citrate, 25.5% PEG 4000 and 15% glycerol	分辨率 2.47 Å R-free 0.238
5MS5 Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–36（13 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 1.53 Å R-free 0.242
5MS5 Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–36（13 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 1.53 Å R-free 0.242
5MS7 Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ_20-502 提交 2016-12-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–502（483 aa）	未记录	BA BARIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；16% PEG3350, 0.2 M BaCl2 and 0.1 M MES	分辨率 2.80 Å R-free 0.254
5MS8 Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ_1-487 提交 2016-12-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–487（487 aa）	未记录	BA BARIUM ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；16% PEG3350, 0.2 M BaCl2 and 0.1 M MES	分辨率 2.85 Å R-free 0.249

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZUV9_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–469； UniProt 49–502

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hzy
沉积日期 deposition_date	2016-02-03
结构标题 title	Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - P6322
关键词 keywords	Autophagy, Atg8, deconjugating enzyme, protease, Atg4B, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.07 Å
零角强度 I(0) i0	30017700.00
分子量 molecular_weight	42575.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53515 Å³
包络体积 envelope_volume	65422 Å³
水化壳体积 shell_volume	23802 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.3 Å
壳层 Rg shell_rg	30.13 Å
包络 Rg envelope_rg	24.70 Å
形状 Rg shape_rg	24.04 Å
总 Rg total_rg	24.92 Å
总原子数 total_atoms	3002
残基数 n_residues	380
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7394
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.555
峰度 Kurtosis kurtosis	0.002
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5211000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.612; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.778; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein RavZ
分子量 formula_weight	52805.4 kDa
突变 mutation	C258S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3067

MHHHHHHENLYFQGSSIYPPETSWEVNKGMNSSRLHKLYSLFFDKSSAFYLGDDVSVLEDKPLTGAYGFQSKKNDQQIFLFRPDSDYVAGYHVDAKSDAGWVNDKLDRRLSEISEFCSKATQPATFILPFVEMPTDITKGVQHQVLLTISYDPKSKQLTPTVYDSIGRDTYSESLSSYFKGKYRTTCDEILTQSIEKAIKSTDFTLGKFTRAAYNHQNRLTEGNSGSYTFRTIKEVISSSAQGTEVKIPGSGYITSNSYLTSQHVQDIESCIKYRNLGVVDIESALTEGKTLPVQLSEFIVALEDYGKLRSQQSEKSMLNFIGYSKTAKLTAVELLIGILNDIKGKNEISESQYDKLVKEVDCLMDSSLGKLVQFHLKNLGAESLQKLVLPCVKFDDTIDDFVTIEKDELFDVPDITGEELASKKGIEQGALDKEALLKQKQIKTDLLDLREEDKTGLKKPLHGGIKVK

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila strain Philadelphia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	219.272 Å
晶胞边长 b length_b	219.272 Å
晶胞边长 c length_c	65.853 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.548 Å
最低分辨率 resolution_low	41.439 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1788
R_free r_free	0.2135

fit	/app/data/saxs_computation/hz/5hzy/5hzy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hz/5hzy/5hzy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hz/5hzy/5hzy.dat

Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - P6322

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein RavZ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)