5i2m

CRYSTAL STRUCTURE OF VSV-INDIANA (MUDD-SUMMERS STRAIN) GLYCOPROTEIN UNDER ITS ACIDIC CONFORMATION

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein G

物种未注明

UniProt P0C2X0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 5 CALCIUM ION × 1 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGLG_VSIVM
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–422; UniProt 1–422 作者链 B; PDB构建体 1–422; UniProt 1–422 作者链 C; PDB构建体 1–422; UniProt 1–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5i2m
沉积日期 deposition_date2016-02-09
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF VSV-INDIANA (MUDD-SUMMERS STRAIN) GLYCOPROTEIN UNDER ITS ACIDIC CONFORMATION
关键词 keywordsMEMBRANE, LIPOPROTEIN, GLYCOPROTEIN, TRANSMEMBRANE, ENVELOPE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5i2m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5i2m__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5i2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)38.25 Å
Rg(电子密度)38.50 Å
总 Rg38.57 Å
原子数9806
残基数1227
排除体积173880 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5i2m__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd5i2ma_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamilye.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family familye.76.1.2 — Spike glycoprotein-like
结构域编号 domain_idd5i2mb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamilye.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family familye.76.1.2 — Spike glycoprotein-like
结构域编号 domain_idd5i2mc_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamilye.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family familye.76.1.2 — Spike glycoprotein-like

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id5i2mA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 — Rhabdovirus spike glycoprotein G, lateral domain
结构域编号 domain_id5i2mA02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily740 —
结构域编号 domain_id5i2mA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 —
结构域编号 domain_id5i2mB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 — Rhabdovirus spike glycoprotein G, lateral domain
结构域编号 domain_id5i2mB02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily740 —
结构域编号 domain_id5i2mB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 —
结构域编号 domain_id5i2mC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 — Rhabdovirus spike glycoprotein G, lateral domain
结构域编号 domain_id5i2mC02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily740 —
结构域编号 domain_id5i2mC03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 —
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7. 引用文献 (1)