SAXSdb — 5i8q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRP43_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–767； UniProt 1–767 作者链 B； PDB构建体 1–767； UniProt 1–767

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5i8q
沉积日期 deposition_date	2016-02-19
结构标题 title	S. cerevisiae Prp43 in complex with RNA and ADPNP
关键词 keywords	helicase, RNA, unwinding, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5i8q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5i8q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5i8q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.92 Å
Rg（电子密度）	28.07 Å
总 Rg	28.73 Å
原子数	6258
残基数	761
排除体积	110640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5i8q__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5i8q__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43
分子量 formula_weight	87682.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12596

MGSKRRFSSEHPDPVETSIPEQAAEIAEELSKQHPLPSEEPLVHHDAGEFKGLQRHHTSAEEAQKLEDGKINPFTGREFTPKYVDILKIRRELPVHAQRDEFLKLYQNNQIMVFVGETGSGKTTQIPQFVLFDEMPHLENTQVACTQPRRVAAMSVAQRVAEEMDVKLGEEVGYSIRFENKTSNKTILKYMTDGMLLREAMEDHDLSRYSCIILDEAHERTLATDILMGLLKQVVKRRPDLKIIIMSATLDAEKFQRYFNDAPLLAVPGRTYPVELYYTPEFQRDYLDSAIRTVLQIHATEEAGDILLFLTGEDEIEDAVRKISLEGDQLVREEGCGPLSVYPLYGSLPPHQQQRIFEPAPESHNGRPGRKVVISTNIAETSLTIDGIVYVVDPGFSKQKVYNPRIRVESLLVSPISKASAQQRAGRAGRTRPGKCFRLYTEEAFQKELIEQSYPEILRSNLSSTVLELKKLGIDDLVHFDFMDPPAPETMMRALEELNYLACLDDEGNLTPLGRLASQFPLDPMLAVMLIGSFEFQCSQEILTIVAMLSVPNVFIRPTKDKKRADDAKNIFAHPDGDHITLLNVYHAFKSDEAYEYGIHKWCRDHYLNYRSLSAADNIRSQLERLMNRYNLELNTTDYESPKYFDNIRKALASGFFMQVAKKRSGAKGYITVKDNQDVLIHPSTVLGHDAEWVIYNEFVLTSKNYIRTVTSVRPEWLIEIAPAYYDLSNFQKGDVKLSLERIKEKVDRLNELKQGKNKKKSKHSKK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	2710.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

UUUUUUUUU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	3935.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

UUUUUUUUUUUUU

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	168.063 Å
晶胞边长 b length_b	154.031 Å
晶胞边长 c length_c	78.988 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.446 Å
R 因子 r_factor	0.2629
R_work r_work	0.2603
R_free r_free	0.2861

S. cerevisiae Prp43 in complex with RNA and ADPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5i8q__assembly_1__model_1

5i8q__assembly_1__model_1 | I(q)

5i8q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

S. cerevisiae Prp43 in complex with RNA and ADPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5i8q__assembly_1__model_1

5i8q__assembly_1__model_1 | I(q)

5i8q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)