SAXSdb — 5ia7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-fold modifier 1

Homo sapiens

UniProt P61960

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–83	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate and 30% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–83	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate and 30% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5IA7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WXS Solution Structure of Ufm1, a ubiquitin-fold modifier 提交 2005-02-01	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–85（85 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient NMR样品组成 0.1mM Ufm1 U-13C,15N; 10mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5HKH Crystal structure of Ufm1 in complex with UBA5 提交 2016-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–83（82 aa）链 C 2–83（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.01 M magnesium acetate, 30% polyethylene glycol 8000, 0.05 M sodium cacodylate, pH 8.0	分辨率 2.55 Å R-free 0.248
5IA8 Structure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment 提交 2016-02-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–83（83 aa）片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5IA8 Structure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment 提交 2016-02-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–83（83 aa）片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5IAA Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 提交 2016-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–83（83 aa）链 D 1–83（83 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tascimate, pH 7.0 and 16% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.206
5L95 Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 and AMP 提交 2016-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 4–83（80 aa）链 D 4–83（80 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M HEPES pH7.5, 10% PEG 6000 and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
6H77 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL 提交 2018-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Q 1–78（78 aa）链 T 1–78（78 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
6H77 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL 提交 2018-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–78（78 aa）链 S 1–78（78 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
7W3N Crystal structure of Ufm1 fused to UFBP1 UFIM 提交 2021-11-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–83（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28% 2-propanol, 3% PEG 200, 0.1M MES at pH 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.200
8BZR UFC1-UFM1 conjugate 提交 2022-12-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–83（83 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；30% v/v PEG400, 0.1M Tris, 0.2M Na citrate	分辨率 1.78 Å R-free 0.226
8OHD 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (native) 提交 2023-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 D 1–85（85 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8OJ0 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 2 (native) 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 D 1–85（85 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OJ5 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (in-vitro reconstitution) 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 D 1–85（85 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9GY4 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Composite map) 提交 2024-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric	链 D 1–85（85 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UFM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83 作者链 B； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ia7
沉积日期 deposition_date	2016-02-21
结构标题 title	Crystal structure of Ubiquitin fold modifier 1 (Ufm1)
关键词 keywords	Ubiquitin like protein, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.58 Å
零角强度 I(0) i0	4537680.00
分子量 molecular_weight	16393.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21046 Å³
包络体积 envelope_volume	24299 Å³
水化壳体积 shell_volume	12892 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.7 Å
壳层 Rg shell_rg	21.62 Å
包络 Rg envelope_rg	16.89 Å
形状 Rg shape_rg	16.55 Å
总 Rg total_rg	17.65 Å
总原子数 total_atoms	1160
残基数 n_residues	153
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5380e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2440e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4538000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7872
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.365
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.314
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1248000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.764; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5ia7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5ia7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.282 Å
晶胞边长 b length_b	56.730 Å
晶胞边长 c length_c	64.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	42.580 Å
R 因子 r_factor	0.1997
R_work r_work	0.1981
R_free r_free	0.2296

描述 description	Ubiquitin-fold modifier 1
分子量 formula_weight	8938.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1221

Crystal structure of Ubiquitin fold modifier 1 (Ufm1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-fold modifier 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

fit	/app/data/saxs_computation/ia/5ia7/5ia7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ia/5ia7/5ia7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ia/5ia7/5ia7.dat