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5ia8

Structure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier 1

Homo sapiens

UniProt E7EQ61

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 334–346 片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.236
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 334–346 片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E7EQ61_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–14； UniProt 334–346 作者链 B； PDB构建体 2–14； UniProt 334–346

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier 1

Homo sapiens

UniProt P61960

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–83 片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.236
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–83 片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IA8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WXS Solution Structure of Ufm1, a ubiquitin-fold modifier 提交 2005-02-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient
NMR样品组成 0.1mM Ufm1 U-13C,15N; 10mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5HKH Crystal structure of Ufm1 in complex with UBA5 提交 2016-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–83（82 aa）
链 C 2–83（82 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.01 M magnesium acetate, 30% polyethylene glycol 8000, 0.05 M sodium cacodylate, pH 8.0
分辨率 2.55 Å R-free 0.248
5IA7 Crystal structure of Ubiquitin fold modifier 1 (Ufm1) 提交 2016-02-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–83（83 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate and 30% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5IA7 Crystal structure of Ubiquitin fold modifier 1 (Ufm1) 提交 2016-02-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–83（83 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate and 30% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5IAA Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 提交 2016-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–83（83 aa）
链 D 1–83（83 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tascimate, pH 7.0 and 16% PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.206
5L95 Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 and AMP 提交 2016-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 4–83（80 aa）
链 D 4–83（80 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M HEPES pH7.5, 10% PEG 6000 and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.10 Å R-free 0.222
6H77 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL 提交 2018-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 Q 1–78（78 aa）
链 T 1–78（78 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
分辨率 2.10 Å R-free 0.221
6H77 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL 提交 2018-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–78（78 aa）
链 S 1–78（78 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
分辨率 2.10 Å R-free 0.221
7W3N Crystal structure of Ufm1 fused to UFBP1 UFIM 提交 2021-11-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–83（83 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28% 2-propanol, 3% PEG 200, 0.1M MES at pH 6.0
分辨率 1.60 Å R-free 0.200
8BZR UFC1-UFM1 conjugate 提交 2022-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–83（83 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；30% v/v PEG400, 0.1M Tris, 0.2M Na citrate
分辨率 1.78 Å R-free 0.226
8OHD 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (native) 提交 2023-03-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8OJ0 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 2 (native) 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8OJ5 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (in-vitro reconstitution) 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9GY4 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Composite map) 提交 2024-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UFM1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 15–97； UniProt 1–83 作者链 B； PDB构建体 15–97； UniProt 1–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ia8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ia8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ia8
沉积日期 deposition_date2016-02-21
结构标题 titleStructure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment
关键词 keywordsUbiquitin like protein, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.65 Å
零角强度 I(0) i06535920.00
分子量 molecular_weight19721.0 kDa
排除体积 excluded_volume25215 ų
包络体积 envelope_volume31271 ų
水化壳体积 shell_volume14788 ų
包络直径 envelope_diameter61.4 Å
壳层 Rg shell_rg23.76 Å
包络 Rg envelope_rg18.97 Å
形状 Rg shape_rg18.65 Å
总 Rg total_rg19.58 Å
总原子数 total_atoms1394
残基数 n_residues182
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.8 Å
Rg (实空间) rg_real19.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real6.5360e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6140e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6536000.0000
解质量估计 total_estimate0.8221
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.9 Å
偏度 Skewness skewness0.267
峰度 Kurtosis kurtosis-0.560
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1408000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5ia8A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id5ia8B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)