SAXSdb — 5igo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase COP1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tribbles homolog 1 × 1 （Q96RU8） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tribbles homolog 1 × 1 （Q96RU8） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tribbles homolog 1 × 1 （Q96RU8） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tribbles homolog 1 × 1 （Q96RU8） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COP1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–336； UniProt 349–675 作者链 B； PDB构建体 10–336； UniProt 349–675 作者链 C； PDB构建体 10–336； UniProt 349–675 作者链 D； PDB构建体 10–336； UniProt 349–675

Tribbles homolog 1

物种未注明

UniProt Q96RU8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase COP1 × 1 （P43254） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase COP1 × 1 （P43254） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase COP1 × 1 （P43254） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 ubiquitin-protein ligase COP1 × 1 （P43254） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRIB1_HUMAN
Isoform	Q96RU8-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–8； UniProt 188–195 作者链 V； PDB构建体 1–8； UniProt 188–195 作者链 W； PDB构建体 1–8； UniProt 188–195 作者链 X； PDB构建体 1–8； UniProt 188–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5igo
沉积日期 deposition_date	2016-02-28
结构标题 title	WD40 domain of Arabidopsis thaliana E3 Ubiquitin Ligase COP1 in complex with peptide from Trib1
关键词 keywords	WD40 domain E3 ligase, Hydrolase-Peptide Complex; Hydrolase/Peptide
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5igo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5igo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5igo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.76 Å
Rg（电子密度）	18.55 Å
总 Rg	19.49 Å
原子数	2567
残基数	329
排除体积	45149 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5igo__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5igo__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5igo__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5igo__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase COP1
分子量 formula_weight	38165.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11580

MHHHHHHHHTFTRYSRLRVIAEIRHGDIFHSANIVSSIEFDRDDELFATAGVSRCIKVFDFSSVVNEPADMQCPIVEMSTRSKLSCLSWNKHEKNHIASSDYEGIVTVWDVTTRQSLMEYEEHEKRAWSVDFSRTEPSMLVSGSDDCKVKVWCTRQEASVINIDMKANICCVKYNPGSSNYIAVGSADHHIHYYDLRNISQPLHVFSGHKKAVSYVKFLSNNELASASTDSTLRLWDVKDNLPVRTFRGHTNEKNFVGLTVNSEYLACGSETNEVYVYHKEITRPVTSHRFGSPDMDDAEEEAGSYFISAVCWKSDSPTMLTANSQGTIKVLVLAA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tribbles homolog 1
分子量 formula_weight	950.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V,W,X

SDQIVPEY

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1256

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5igoA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5igoB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5igoC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5igoD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	78.516 Å
晶胞边长 b length_b	87.469 Å
晶胞边长 c length_c	94.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	64.200 Å
R 因子 r_factor	0.1907
R_work r_work	0.1894
R_free r_free	0.2134

WD40 domain of Arabidopsis thaliana E3 Ubiquitin Ligase COP1 in complex with peptide from Trib1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase COP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tribbles homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5igo__assembly_1__model_1

5igo__assembly_1__model_1 | I(q)

5igo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

WD40 domain of Arabidopsis thaliana E3 Ubiquitin Ligase COP1 in complex with peptide from Trib1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase COP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tribbles homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5igo__assembly_1__model_1

5igo__assembly_1__model_1 | I(q)

5igo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)