SAXSdb — 5ij7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1 ZINC ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1 ZINC ION × 7 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G1KPH4_ANOCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 4–332 作者链 B； PDB构建体 1–329； UniProt 4–332

Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

Homo sapiens

UniProt Q15910

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1 ZINC ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1 ZINC ION × 7 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EZH2_HUMAN
Isoform	Q15910-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 330–643； UniProt 390–707 作者链 B； PDB构建体 330–643； UniProt 390–707

Polycomb protein EED

Homo sapiens

UniProt O75530

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （G1KPH4,Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1 ZINC ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （G1KPH4,Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1 ZINC ION × 7 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EED_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–362； UniProt 81–441 作者链 F； PDB构建体 2–362； UniProt 81–441

Polycomb protein SUZ12

Homo sapiens

UniProt Q15022

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （G1KPH4,Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） ;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1 ZINC ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 1 （G1KPH4,Q15910） Polycomb protein EED × 1 （O75530） ;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1 ZINC ION × 7 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SUZ12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 11–191； UniProt 545–725 作者链 T； PDB构建体 11–191； UniProt 545–725

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ij7
沉积日期 deposition_date	2016-03-01
结构标题 title	Structure of Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor
关键词 keywords	lysine methyltransferase, transferase-transferase inhibitor complex; transferase/transferase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ij7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ij7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ij7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.12 Å
Rg（电子密度）	33.51 Å
总 Rg	34.18 Å
原子数	7758
残基数	947
排除体积	137480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ij7__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ij7__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
分子量 formula_weight	72941.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15642

MGQTGKKSEKGPICWRKRVKSEYMRLRQLKRFRRADEVKSMFNSNRQKIQERTEILNQEWKQRRIQPVHIMTSVSSLRGTRECSVTSDLDFPKQVIPLKTLNAVASVPIMYSWSPLQQNFMVEDETVLHNIPYMGDEVLDQDGTFIEELIKNYDGKVHGDRECGFINDEIFVELVNALGQLDRRDEKQKNQESNQIDKESHPPRKFPSDKIFEAISSMFPDKGTAEELKEKYKELTEQQLPGALPPECTPNIDGPNAKSVQREQSLHSFHTLFCRRCFKYDCFLHPFHATPNTYKRKNTEMAIDNKPCGPHCYQHLEGAKEFAAALTAENVEWSGAEASMFRVLIGTYYDNFCAIARLIGTKTCRQVYEFRVKESSIIAPAPAEDVDTLGGGGSGGGGSGGGGSAAADGSSNHVYNYQPCDHPRQPCDNSCPCVIAQNFCEKFCQCSSECQNRFPGCRCKAQCNTKQCPCYLAVRECDPDLCLTCGAADHWDSKNVSCKNCSIQRGSKKHLLLAPSDVAGWGIFIKDPVQKNEFISEYCGEIISQDEADRRGKVYDKYMCSFLFNLNNDFVVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVMMVNGDHRIGIFAKRAIQTGEELFFDYRYSQADALKYVGIEREMEIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polycomb protein EED
分子量 formula_weight	41776.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MSFKCVNSLKEDHNQPLFGVQFNWHSKEGDPLVFATVGSNRVTLYECHSQGEIRLLQSYVDADADENFYTCAWTYDSNTSHPLLAVAGSRGIIRIINPITMQCIKHYVGHGNAINELKFHPRDPNLLLSVSKDHALRLWNIQTDTLVAIFGGVEGHRDEVLSADYDLLGEKIMSCGMDHSLKLWRINSKRMMNAIKESYDYNPNKTNRPFISQKIHFPDFSTRDIHRNYVDCVRWLGDLILSKSCENAIVCWKPGKMEDDIDKIKPSESNVTILGRFDYSQCDIWYMRFSMDFWQKMLALGNQVGKLYVWDLEVEDPHKAKCTTLTHHKCGAAIRQTSFSRDSSILIAVCDDASIWRWDRLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polycomb protein SUZ12
分子量 formula_weight	22268.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

MDYKDDDDKGESEDGEVEQQRTYSSGHNRLYFHSDTCLPLRPQEMEVDDEDEKDPEWLREKTITQIEEFSDVNEGEKEVMKLWNLHVMKHGFIADNQMNHACMLFVENYGQKIIKKNLCRNFMLHLVSMHDFNLISIMSIDKAVTKLREMQQKLEKGESASPANEEITEEQNGTANGFSEINSKEKALETD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ;
分子量 formula_weight	536.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5ij7E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5ij7F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	69.575 Å
晶胞边长 b length_b	115.042 Å
晶胞边长 c length_c	153.033 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.620 Å
最低分辨率 resolution_low	91.150 Å
R 因子 r_factor	0.1935
R_work r_work	0.1912
R_free r_free	0.2380

Structure of Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycomb protein EED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycomb protein SUZ12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ij7__assembly_1__model_1

5ij7__assembly_1__model_1 | I(q)

5ij7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2),Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein EED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein SUZ12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ij7__assembly_1__model_1

5ij7__assembly_1__model_1 | I(q)

5ij7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)