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5iqq

Crystal structure of the human RBM7 RRM domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.7 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein 7

Homo sapiens

UniProt Q9Y580

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–91 链 B； UniProt 1–91 链 C； UniProt 1–91 链 D； UniProt 1–91 链 E； UniProt 1–91 片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7.5；292 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 150 mM KCl, 1.4 M tri-sodium citrate 分辨率 2.52 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IQQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2M8H RRM domain of human RBM7 提交 2013-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–94（91 aa） 片段：unp residues 4-94
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient
NMR样品组成 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RBM7, 20 mM BISTRIS, 4 mM beta-mercaptoethanol, 200 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5LXR Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–86（86 aa）
未记录 SM SAMARIUM (III) ION × 3 BR BROMIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5 0.2 M NaBr 18% (v/v) PEG3350 7% (w/v) glycerol
分辨率 2.00 Å R-free 0.229
5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–86（86 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.85 Å R-free 0.300
5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.85 Å R-free 0.300
5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–86（86 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.85 Å R-free 0.300
5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–86（86 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.85 Å R-free 0.300
5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1–86（86 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.85 Å R-free 0.300
5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 1–86（86 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.85 Å R-free 0.300
5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 1–86（86 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.85 Å R-free 0.300
7S7B Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1) 提交 2021-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 7–86（80 aa）
链 G 7–86（80 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
分辨率 4.06 Å
7S7C Human Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex bound to RNA (substrate 2) 提交 2021-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 C 7–86（80 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
分辨率 3.62 Å

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBM7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 C； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 E； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5iqq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5iqq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5iqq
沉积日期 deposition_date2016-03-11
结构标题 titleCrystal structure of the human RBM7 RRM domain
关键词 keywordspentameric assembly, RRM fold, non-crystallographic symmetry, RNA binding protein, NEXT complex, exosome, RNA degradation; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.37 Å
零角强度 I(0) i029490600.00
分子量 molecular_weight46114.0 kDa
排除体积 excluded_volume59487 ų
包络体积 envelope_volume79748 ų
水化壳体积 shell_volume24029 ų
包络直径 envelope_diameter92.7 Å
壳层 Rg shell_rg34.96 Å
包络 Rg envelope_rg26.83 Å
形状 Rg shape_rg27.33 Å
总 Rg total_rg28.39 Å
总原子数 total_atoms6665
残基数 n_residues405
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.7 Å
Rg (实空间) rg_real28.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29490000.0000
解质量估计 total_estimate0.9039
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.3 Å
偏度 Skewness skewness0.083
峰度 Kurtosis kurtosis-0.668
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5784000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.955
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd5iqqa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5iqqb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5iqqc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5iqqd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5iqqe_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5iqqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id5iqqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id5iqqC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id5iqqD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id5iqqE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)