SAXSdb — 5is5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{4-[3-(4-acetylpiperazine-1-carbonyl)phenyl]quinazolin-6-yl}-2-methoxypyridine-3-carbonitrile × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3UDT3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1044； UniProt 1–1044

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5is5
沉积日期 deposition_date	2016-03-15
结构标题 title	Discovery and Pharmacological Characterization of Novel Quinazoline-based PI3K delta-selective Inhibitors
关键词 keywords	Phosphoinositide 3-Kinase, isoform-sepcific inhibitors, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5is5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5is5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5is5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.40 Å
Rg（电子密度）	28.20 Å
总 Rg	28.92 Å
原子数	5685
残基数	785
排除体积	100240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5is5__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
分子量 formula_weight	119999.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.153
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5917

MPPGVDCPMEFWTKEESQSVVVDFLLPTGVYLNFPVSRNANLSTIKQVLWHRAQYEPLFHMLSDPEAYVFTCVNQTAEQQELEDEQRRLCDIQPFLPVLRLVAREGDRVKKLINSQISLLIGKGLHEFDSLRDPEVNDFRTKMRQFCEEAAAHRQQLGWVEWLQYSFPLQLEPSARGWRAGLLRVSNRALLVNVKFEGSEESFTFQVSTKDMPLALMACALRKKATVFRQPLVEQPEEYALQVNGRHEYLYGNYPLCHFQYICSCLHSGLTPHLTMVHSSSILAMRDEQSNPAPQVQKPRAKPPPIPAKKPSSVSLWSLEQPFSIELIEGRKVNADERMKLVVQAGLFHGNEMLCKTVSSSEVNVCSEPVWKQRLEFDISVCDLPRMARLCFALYAVVEKAKKARSTKKKSKKADCPIAWANLMLFDYKDQLKTGERCLYMWPSVPDEKGELLNPAGTVRGNPNTESAAALVIYLPEVAPHPVYFPALEKILELGRHGERGRITEEEQLQLREILERRGSGELYEHEKDLVWKMRHEVQEHFPEALARLLLVTKWNKHEDVAQMLYLLCSWPELPVLSALELLDFSFPDCYVGSFAIKSLRKLTDDELFQYLLQLVQVLKYESYLDCELTKFLLGRALANRKIGHFLFWHLRSEMHVPSVALRFGLIMEAYCRGSTHHMKVLMKQGEALSKLKALNDFVKVSSQKTTKPQTKEMMHMCMRQETYMEALSHLQSPLDPSTLLEEVCVEQCTFMDSKMKPLWIMYSSEEAGSAGNVGIIFKNGDDLRQDMLTLQMIQLMDVLWKQEGLDLRMTPYGCLPTGDRTGLIEVVLHSDTIANIQLNKSNMAATAAFNKDALLNWLKSKNPGEALDRAIEEFTLSCAGYCVATYVLGIGDRHSDNIMIRESGQLFHIDFGHFLGNFKTKFGINRERVPFILTYDFVHVIQQGKTNNSEKFERFRGYCERAYTILRRHGLLFLHLFALMRAAGLPELSCSKDIQYLKDSLALGKTEEEALKHFRVKFNEALRESWKTKVNWLAHNVSKDNRQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-{4-[3-(4-acetylpiperazine-1-carbonyl)phenyl]quinazolin-6-yl}-2-methoxypyridine-3-carbonitrile
分子量 formula_weight	492.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	232

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5is5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK)

结构域编号 domain_id	5is5A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5is5A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5is5A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4

结构域编号 domain_id	5is5A05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	141.460 Å
晶胞边长 b length_b	64.320 Å
晶胞边长 c length_c	116.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	65.950 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2294
R_free r_free	0.2709

Discovery and Pharmacological Characterization of Novel Quinazoline-based PI3K delta-selective Inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5is5__assembly_1__model_1

5is5__assembly_1__model_1 | I(q)

5is5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Discovery and Pharmacological Characterization of Novel Quinazoline-based PI3K delta-selective Inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5is5__assembly_1__model_1

5is5__assembly_1__model_1 | I(q)

5is5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)