5iuk

Crystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphotransfer state with high Mg2+ (150 mM)

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensor histidine kinase DesK

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Transcriptional regulatory protein DesR × 1 （O34723） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 3 POTASSIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Transcriptional regulatory protein DesR × 1 （O34723） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DESK_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–218； UniProt 154–370 作者链 B； PDB构建体 2–218； UniProt 154–370 作者链 D； PDB构建体 2–218； UniProt 154–370 作者链 E； PDB构建体 2–218； UniProt 154–370

Transcriptional regulatory protein DesR

Bacillus subtilis (strain 168)

UniProt O34723

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sensor histidine kinase DesK × 2 （O34757） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 3 POTASSIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sensor histidine kinase DesK × 2 （O34757） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2 POTASSIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DESR_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–139； UniProt 1–135 作者链 F； PDB构建体 5–139； UniProt 1–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5iuk
沉积日期 deposition_date	2016-03-18
结构标题 title	Crystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphotransfer state with high Mg2+ (150 mM)
关键词 keywords	;Two-component regulatory system, Kinase, Response regulator, Phosphotransfer complex, Phosphotransfer, TRANSFERASE, TRANSFERASE-GENE REGULATION complex ;; TRANSFERASE/GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5iuk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5iuk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5iuk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.48 Å
Rg（电子密度）	30.57 Å
总 Rg	31.17 Å
原子数	4399
残基数	548
排除体积	78561 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5iuk__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5iuk__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sensor histidine kinase DesK
分子量 formula_weight	24956.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.13.3
突变 mutation	H188E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	8842

GRKERERLEEKLEDANERIAELVKLEERQRIARDLEDTLGQKLSLIGLKSDLARKLIYKDPEQAARELKSVQQTARTSLNEVRKIVSSMKGIRLKDELINIKQILEAADIMFIYEEEKWPENISLLNENILSMCLKEAVTNVVKHSQAKTCRVDIQQLWKEVVITVSDDGTFKGEENSFSKGHGLLGMRERLEFANGSLHIDTENGTKLTMAIPNNSK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein DesR
分子量 formula_weight	15108.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

GSGSMISIFIAEDQQMLLGALGSLLNLEDDMEVVGKGTTGQDAVDFVKKRQPDVCIMDIEMPGKTGLEAAEELKDTGCKIIILTTFARPGYFQRAIKAGVKGYLLKDSPSEELANAIRSVMNGKRIYAPELMEDLYSEA

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis (strain 168)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5iukc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5iukc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5iukf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5iukf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5iukA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 —

结构域编号 domain_id	5iukA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5iukB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 —

结构域编号 domain_id	5iukB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5iukC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5iukD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 —

结构域编号 domain_id	5iukD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5iukE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 —

结构域编号 domain_id	5iukE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5iukF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

▶

晶胞边长 a length_a	87.930 Å
晶胞边长 b length_b	115.610 Å
晶胞边长 c length_c	91.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	39.270 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2390

Crystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphotransfer state with high Mg2+ (150 mM)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensor histidine kinase DesK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcriptional regulatory protein DesR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5iuk__assembly_1__model_1

5iuk__assembly_1__model_1 | I(q)

5iuk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphotransfer state with high Mg2+ (150 mM)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensor histidine kinase DesK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcriptional regulatory protein DesR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5iuk__assembly_1__model_1

5iuk__assembly_1__model_1 | I(q)

5iuk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)