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5izv

Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - F222

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein RavZ

Legionella pneumophila subsp. pneumophila strain Philadelphia 1

UniProt Q5ZUV9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–502 突变：C258S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5 分辨率 2.81 Å R-free 0.227
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–502 突变：C258S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5 分辨率 2.81 Å R-free 0.227
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–502 突变：C258S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5 分辨率 2.81 Å R-free 0.227
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–502 突变：C258S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5 分辨率 2.81 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5IZV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5CQC Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ 提交 2015-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 10–458（449 aa）
未记录 BA BARIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277.15 K；12% PEG 3350, 0.2 M BaCl2, 0.1 M MES
分辨率 2.98 Å R-free 0.250
5HZY Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - P6322 提交 2016-02-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 49–502（454 aa） 片段：UNP residues 49-502
突变：C258S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.8M Sodium Acetate trihydrate, 200mM NaCl
分辨率 2.55 Å R-free 0.213
5HZY Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - P6322 提交 2016-02-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 49–502（454 aa） 片段：UNP residues 49-502
突变：C258S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.8M Sodium Acetate trihydrate, 200mM NaCl
分辨率 2.55 Å R-free 0.213
5IO3 Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - I422 提交 2016-03-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–502（502 aa）
突变：C258S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；2.2M NaCl, 28% PEG 3350, 0.1M Imidazole pH6.5
分辨率 2.74 Å R-free 0.287
5MS2 Crystal structure of the Legionella pneumophila effector protein RavZ in complex with human LC3B 提交 2016-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–431（431 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；0.17 M ammonium acetate, 0.085M tri sodium citrate, 25.5% PEG 4000 and 15% glycerol
分辨率 2.47 Å R-free 0.238
5MS5 Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–36（13 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 1.53 Å R-free 0.242
5MS5 Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–36（13 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 1.53 Å R-free 0.242
5MS7 Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ_20-502 提交 2016-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–502（483 aa）
未记录 BA BARIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；16% PEG3350, 0.2 M BaCl2 and 0.1 M MES
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
5MS8 Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ_1-487 提交 2016-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–487（487 aa）
未记录 BA BARIUM ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；16% PEG3350, 0.2 M BaCl2 and 0.1 M MES
分辨率 2.85 Å R-free 0.249

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5ZUV9_LEGPH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 B； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5izv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5izv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5izv
沉积日期 deposition_date2016-03-26
结构标题 titleCrystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - F222
关键词 keywordsAutophagy, Atg8, deconjugating enzyme, protease, Atg4B, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.27 Å
零角强度 I(0) i0102347000.00
分子量 molecular_weight83331.0 kDa
排除体积 excluded_volume104810 ų
包络体积 envelope_volume151670 ų
水化壳体积 shell_volume32219 ų
包络直径 envelope_diameter124.6 Å
壳层 Rg shell_rg46.20 Å
包络 Rg envelope_rg36.83 Å
形状 Rg shape_rg38.25 Å
总 Rg total_rg38.84 Å
总原子数 total_atoms5873
残基数 n_residues745
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.6 Å
Rg (实空间) rg_real38.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal102300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8234
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary65.2 Å
偏度 Skewness skewness0.046
峰度 Kurtosis kurtosis-0.967
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14340000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.657; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.870; Smooth: 0.859
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)