5jdo

T. congolense haptoglobin-haemoglobin receptor in complex with haemoglobin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Haptoglobin-haemoglobin receptor

Trypanosoma congolense

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Hemoglobin subunit alpha × 1 （P69905） Hemoglobin subunit beta × 1 （P68871） Hemoglobin subunit alpha × 1 （P69905） Hemoglobin subunit beta × 1 （P68871） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXYGEN MOLECULE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0UVW6_TRYCI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–249； UniProt 116–364 作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 116–360

Hemoglobin subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P69905

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Haptoglobin-haemoglobin receptor × 1 （G0UVW6） Haptoglobin-haemoglobin receptor × 1 （G0UVW6） Hemoglobin subunit beta × 1 （P68871） Hemoglobin subunit beta × 1 （P68871） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXYGEN MOLECULE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HBA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3, 5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–141； UniProt 2–142 作者链 E； PDB构建体 1–140； UniProt 2–141

Hemoglobin subunit beta

Homo sapiens

UniProt P68871

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Haptoglobin-haemoglobin receptor × 1 （G0UVW6） Haptoglobin-haemoglobin receptor × 1 （G0UVW6） Hemoglobin subunit alpha × 1 （P69905） Hemoglobin subunit alpha × 1 （P69905） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXYGEN MOLECULE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4, 6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–145； UniProt 3–147 作者链 F； PDB构建体 1–144； UniProt 3–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jdo
沉积日期 deposition_date	2016-04-17
结构标题 title	T. congolense haptoglobin-haemoglobin receptor in complex with haemoglobin
关键词 keywords	Trypanosome, haptoglobin-haemoglobin receptor, haemoglobin, epimastigote, Oxygen transport; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jdo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jdo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jdo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.53 Å
Rg（电子密度）	35.60 Å
总 Rg	36.06 Å
原子数	8214
残基数	1064
排除体积	146040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jdo__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Haptoglobin-haemoglobin receptor
分子量 formula_weight	26563.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8226

GEIKVELEDSDDVAAACELRAQLAGVSIASGILLRPAVIRNATTEFSRKKSEDILAKGGAAVERASAAVDRVSGLDKTNETAQKVRKAAAVAHHALEHVKEEVEIVAKKVNEIIELTAGATEHAKGAKANGDASAVKVSNLLARAKESENQYVKEAAEECSESTNYDVTAKSLAAALDKLPGVKEDNAVKTTFQSILTSLDNLDKDVKSVEQRAEELETALEKAERQLEKAEKAAEEAETESSKVETES

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma congolense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5692
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Haptoglobin-haemoglobin receptor
分子量 formula_weight	26117.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma congolense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5692
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit alpha
分子量 formula_weight	15150.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit beta
分子量 formula_weight	15791.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

HLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit alpha
分子量 formula_weight	14993.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit beta
分子量 formula_weight	15652.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

HLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5jdoA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	5jdoB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	5jdoC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5jdoD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5jdoE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	5jdoF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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晶胞边长 a length_a	72.750 Å
晶胞边长 b length_b	127.300 Å
晶胞边长 c length_c	172.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	102.410 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2044
R_free r_free	0.2351

T. congolense haptoglobin-haemoglobin receptor in complex with haemoglobin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Haptoglobin-haemoglobin receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemoglobin subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemoglobin subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jdo__assembly_1__model_1

5jdo__assembly_1__model_1 | I(q)

5jdo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)