5jib

Crystal structure of the Thermotoga maritima acetyl esterase (TM0077) complex with a substrate analog

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cephalosporin-C deacetylase

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	[(3S)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]acetic acid × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAH_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–337； UniProt 1–325 作者链 B； PDB构建体 13–337； UniProt 1–325 作者链 C； PDB构建体 13–337； UniProt 1–325 作者链 D； PDB构建体 13–337； UniProt 1–325 作者链 E； PDB构建体 13–337； UniProt 1–325 作者链 F； PDB构建体 13–337； UniProt 1–325

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jib
沉积日期 deposition_date	2016-04-22
结构标题 title	Crystal structure of the Thermotoga maritima acetyl esterase (TM0077) complex with a substrate analog
关键词 keywords	HYDROLASE, CARBOHYDRATE METABOLISM, CEPHALOSPORIN DEACETYLASE, ROSSMANN FOLD; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jib__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jib__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jib__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.57 Å
Rg（电子密度）	36.76 Å
总 Rg	37.36 Å
原子数	15204
残基数	1916
排除体积	270460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jib__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cephalosporin-C deacetylase
分子量 formula_weight	38662.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.41,3.1.1.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	16248

MGSDKIHHHHHHMAFFDLPLEELKKYRPERYEEKDFDEFWEETLAESEKFPLDPVFERMESHLKTVEAYDVTFSGYRGQRIKGWLLVPKLEEEKLPCVVQYIGYNGGRGFPHDWLFWPSMGYICFVMDTRGQGSGWLKGDTPDYPEGPVDPQYPGFMTRGILDPRTYYYRRVFTDAVRAVEAAASFPQVDQERIVIAGGSQGGGIALAVSALSKKAKALLCDVPFLCHFRRAVQLVDTHPYAEITNFLKTHRDKEEIVFRTLSYFDGVNFAARAKIPALFSVGLMDNICPPSTVFAAYNYYAGPKEIRIYPYNNHEGGGSFQAVEQVKFLKKLFEKG

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(3S)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]acetic acid
分子量 formula_weight	191.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1039

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5jiba_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.25 — Acetyl xylan esterase-like

结构域编号 domain_id	d5jibb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.25 — Acetyl xylan esterase-like

结构域编号 domain_id	d5jibc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.25 — Acetyl xylan esterase-like

结构域编号 domain_id	d5jibd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.25 — Acetyl xylan esterase-like

结构域编号 domain_id	d5jibe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.25 — Acetyl xylan esterase-like

结构域编号 domain_id	d5jibf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.25 — Acetyl xylan esterase-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5jibA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5jibB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5jibC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5jibD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5jibE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	5jibF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	89.810 Å
晶胞边长 b length_b	115.780 Å
晶胞边长 c length_c	103.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	45.970 Å
R 因子 r_factor	0.1566
R_work r_work	0.1548
R_free r_free	0.1918

Crystal structure of the Thermotoga maritima acetyl esterase (TM0077) complex with a substrate analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cephalosporin-C deacetylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jib__assembly_1__model_1

5jib__assembly_1__model_1 | I(q)

5jib__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the Thermotoga maritima acetyl esterase (TM0077) complex with a substrate analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cephalosporin-C deacetylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jib__assembly_1__model_1

5jib__assembly_1__model_1 | I(q)

5jib__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)