SAXSdb — 5jkr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

Vaccinia virus Copenhagen

UniProt P20536

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase processivity factor component A20 × 1 （P20995） SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase processivity factor component A20 × 1 （P20995） SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UNG_VACCC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–232； UniProt 1–218 作者链 B； PDB构建体 15–232； UniProt 1–218

DNA polymerase processivity factor component A20

Vaccinia virus Copenhagen

UniProt P20995

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P20536） SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P20536） SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A20_VACCC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–52； UniProt 1–50 作者链 D； PDB构建体 3–52； UniProt 1–50

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jkr
沉积日期 deposition_date	2016-04-26
结构标题 title	vaccinia virus D4/A20(1-50)w43a mutant
关键词 keywords	DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR, DNA BINDING, DNA POLYMERASE BINDING, HYDROLASE-REPLICATION COMPLEX; Hydrolase/Replication
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jkr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jkr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.64 Å
Rg（电子密度）	19.65 Å
总 Rg	20.53 Å
原子数	2197
残基数	272
排除体积	39339 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jkr__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5jkr__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uracil-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	26729.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	4428

MGSSHHHHHHSQDPMNSVTVSHAPYTITYHDDWEPVMSQLVEFYNEVASWLLRDETSPIPDKFFIQLKQPLRNKRVCVCGIDPYPKDGTGVPFESPNFTKKSIKEIASSISRLTGVIDYKGYNLNIIDGVIPWNYYLSCKLGETKSHAIYWDKISKLLLQHITKHVSVLYCLGKTDFSNIRAKLESPVTTIVGYHPAARDRQFEKDRSFEIINVLLELDNKVPINWAQGFIY

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Copenhagen
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10249
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase processivity factor component A20
分子量 formula_weight	5692.5 kDa
突变 mutation	W43A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

GAMTSSADLTNLKELLSLYKSLRFSDSAAIEKYNSLVEWGTSTYAKIGVQKV

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Copenhagen
通用名 common_name	VACV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10249
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5jkrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	5jkrB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	5jkrC00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1880 —

结构域编号 domain_id	5jkrD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1880 —

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晶胞边长 a length_a	92.980 Å
晶胞边长 b length_b	92.980 Å
晶胞边长 c length_c	145.710 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	48.510 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1953
R_free r_free	0.2497

vaccinia virus D4/A20(1-50)w43a mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase processivity factor component A20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jkr__assembly_1__model_1

5jkr__assembly_1__model_1 | I(q)

5jkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

vaccinia virus D4/A20(1-50)w43a mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase processivity factor component A20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jkr__assembly_1__model_1

5jkr__assembly_1__model_1 | I(q)

5jkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)