SAXSdb — 5jp1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthomonas outer protein D

Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (strain 85-10)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ubiquitin-related modifier × 1 （Q9SMD1） MALONATE ION × 2 (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3BYJ5_XANC5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–220； UniProt 298–515

Small ubiquitin-related modifier

Solanum lycopersicum

UniProt Q9SMD1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Xanthomonas outer protein D × 1 （Q3BYJ5） MALONATE ION × 2 (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9SMD1_SOLLC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jp1
沉积日期 deposition_date	2016-05-03
结构标题 title	Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to tomato SUMO
关键词 keywords	Enzyme, CE clan, Deubiquitinase, DeSUMOylase, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jp1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jp1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jp1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.43 Å
Rg（电子密度）	19.36 Å
总 Rg	20.23 Å
原子数	2184
残基数	276
排除体积	38198 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jp1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Xanthomonas outer protein D
分子量 formula_weight	24438.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2398

GPHGTQTPMGYSAMTPERIDVDNLPSPQDVADPELPPVRATSWLLDGHLRAYTDDLARRLRGEPNAHLLHFADSQVVTMLSSADPDQQARAQRLLAGDDIPPIVFLPINQPNAHWSLLVVDRRNKDAVAAYHYDSMAQKDPQQRYLADMAAYHLGLDYQQTHEMPIAIQSDGYSCGDHVLTGIEVLAHRVLDGTFDYAGGRDLTDIEPDRGLIRDRLAQA

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (strain 85-10)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316273
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small ubiquitin-related modifier
分子量 formula_weight	10879.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSASGGTGDEDKKPNDQMVHINLKVKGQDGNEVFFRIKRSTQMRKLMNAYCDRQSVDMNSIAFLFDGRRLRAEQTPDELEMEEGDEIDAMLHQTGX

来源 Source

来源生物 organism	Solanum lycopersicum
通用名 common_name	Tomato
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4081
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL
分子量 formula_weight	152.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5jp1b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5jp1b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5jp1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

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晶胞边长 a length_a	119.103 Å
晶胞边长 b length_b	119.103 Å
晶胞边长 c length_c	50.463 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 64
空间群编号 int_tables_number	172
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	59.551 Å
R 因子 r_factor	0.1832
R_work r_work	0.1813
R_free r_free	0.2168

Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to tomato SUMO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthomonas outer protein D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small ubiquitin-related modifier

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jp1__assembly_1__model_1

5jp1__assembly_1__model_1 | I(q)

5jp1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to tomato SUMO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthomonas outer protein D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ubiquitin-related modifier

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jp1__assembly_1__model_1

5jp1__assembly_1__model_1 | I(q)

5jp1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)