SAXSdb — 5jp4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein C18G6.09c × 1 （Q10108） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCP1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–129； UniProt 1–127

Uncharacterized protein C18G6.09c

Schizosaccharomyces pombe

UniProt Q10108

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 1 （Q9P805） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YAQ9_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 16–41； UniProt 156–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jp4
沉积日期 deposition_date	2016-05-03
结构标题 title	Crystal structure of S. pombe Dcp1 in complex with the decapping enhancer EDC
关键词 keywords	EVH1, complex, mRNA, decapping, Hydrolase, peptide binding protein; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jp4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jp4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jp4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.64 Å
Rg（电子密度）	15.28 Å
总 Rg	16.44 Å
原子数	1171
残基数	145
排除体积	20886 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jp4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	mRNA-decapping enzyme subunit 1
分子量 formula_weight	15130.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1224

GAMEDENILRNAVNLQVLKFHYPEIESIIDIASHVAVYQFDVGSQKWLKTSIEGTFFLVKDQRARVGYVILNRNSPENLYLFINHPSNVHLVDRYLIHRTENQHVVGLWMFDPNDMSRIFNIVKESLLR

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein C18G6.09c
分子量 formula_weight	4212.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GAMSFSSNSSSDTNSILYAGPTFTHSPAASNLPIPTFLHSP

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5jp4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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晶胞边长 a length_a	39.179 Å
晶胞边长 b length_b	41.452 Å
晶胞边长 c length_c	95.626 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.043 Å
最低分辨率 resolution_low	47.813 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1957
R_free r_free	0.2221

Crystal structure of S. pombe Dcp1 in complex with the decapping enhancer EDC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein C18G6.09c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jp4__assembly_1__model_1

5jp4__assembly_1__model_1 | I(q)

5jp4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of S. pombe Dcp1 in complex with the decapping enhancer EDC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-decapping enzyme subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein C18G6.09c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jp4__assembly_1__model_1

5jp4__assembly_1__model_1 | I(q)

5jp4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)