5jpn

Structure of human complement C4 rebuilt using iMDFF

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C4-A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 4	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 TRIMETHYL LEAD ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO4A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–656； UniProt 20–675 作者链 B； PDB构建体 1–767； UniProt 680–1446 作者链 C； PDB构建体 1–290； UniProt 1455–1744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jpn
沉积日期 deposition_date	2016-05-03
结构标题 title	Structure of human complement C4 rebuilt using iMDFF
关键词 keywords	complement, immune system, blood; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jpn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jpn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jpn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.22 Å
Rg（电子密度）	42.97 Å
总 Rg	43.14 Å
原子数	12891
残基数	1638
排除体积	229160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jpn__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement C4-A
分子量 formula_weight	71761.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12891

KPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRNPSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDSLSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVENSHGLRVRKKEVYMPSSIFQDDFVIPDISEPGTWKISARFSDGLESNSSTQFEVKKYVLPNFEVKITPGKPYILTVPGHLDEMQLDIQARYIYGKPVQGVAYVRFGLLDEDGKKTFFRGLESQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLRLYVAAAIIESPGGEMEEAELTSWYFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSPASGIPVKVSATVSSPGSVPEVQDIQQNTDGSGQVSIPIIIPQTISELQLSVSAGSPHPAIARLTVAAPPSGGPGFLSIERPDSRPPRVGDTLNLNLRAVGSGATFSHYYYMILSRGQIVFMNREPKRTLTSVSVFVDHHLAPSFYFVAFYYHGDHPVANSLRVDVQAGACEGKLELSVDGAKQYRNGESVKLHLETDSLALVALGALDTALYAAGSKSHKPLNMGKVFEAMNSYDLGCGPGGGDSALQVFQAAGLAFSDGDQWTLSRKRLSCPKEKTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Complement C4-A
分子量 formula_weight	84270.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NVNFQKAINEKLGQYASPTAKRCCQDGVTRLPMMRSCEQRAARVQQPDCREPFLSCCQFAESLRKKSRDKGQAGLQRALEILQEEDLIDEDDIPVRSFFPENWLWRVETVDRFQILTLWLPDSLTTWEIHGLSLSKTKGLCVATPVQLRVFREFHLHLRLPMSVRRFEQLELRPVLYNYLDKNLTVSVHVSPVEGLCLAGGGGLAQQVLVPAGSARPVAFSVVPTAAAAVSLKVVARGSFEFPVGDAVSKVLQIEKEGAIHREELVYELNPLDHRGRTLEIPGNSDPNMIPDGDFNSYVRVTASDPLDTLGSEGALSPGGVASLLRLPRGCGEQTMIYLAPTLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRDSSTWLTAFVLKVLSLAQEQVGGSPEKLQETSNWLLSQQQADGSFQDPCPVLDRSMQGGLVGNDETVALTAFVTIALHHGLAVFQDEGAEPLKQRVEASISKANSFLGEKASAGLLGAHAAAITAYALSLTKAPVDLLGVAHNNLMAMAQETGDNLYWGSVTGSQSNAVSPTPAPRNPSDPMPQAPALWIETTAYALLHLLLHEGKAEMADQASAWLTRQGSFQGGFRSTQDTVIALDALSAYWIASHTTEERGLNVTLSSTGRNGFKSHALQLNNRQIRGLEEELQFSLGSKINVKVGGNSKGTLKVLRTYNVLDMKNTTCQDLQIEVTVKGHVEYTMEANEDYEDYEYDELPAKDDPDAPLQPVTPLQLFEG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Complement C4-A
分子量 formula_weight	32986.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

APKVVEEQESRVHYTVCIWRNGKVGLSGMAIADVTLLSGFHALRADLEKLTSLSDRYVSHFETEGPHVLLYFDSVPTSRECVGFEAVQEVPVGLVQPASATLYDYYNPERRCSVFYGAPSKSRLLATLCSAEVCQCAEGKCPRQRRALERGLQDEDGYRMKFACYYPRVEYGFQVKVLREDSRAAFRLFETKITQVLHFTKDVKAAANQMRNFLVRASCRLRLEPGKEYLIMGLDGATYDLEGHPQYLLDSNSWIEEMPSERLCRSTRQRAACAQLNDFLQEYGTQGCQV

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIMETHYL LEAD ION
分子量 formula_weight	252.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	5jpnA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jpnA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jpnA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1940 —

结构域编号 domain_id	5jpnA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5jpnA05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jpnA06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	5jpnB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Anaphylotoxins (complement system)

结构域编号 domain_id	5jpnB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	130 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5jpnB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5jpnB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1540 —

结构域编号 domain_id	5jpnB05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5jpnC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain

结构域编号 domain_id	5jpnC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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晶胞边长 a length_a	85.450 Å
晶胞边长 b length_b	103.310 Å
晶胞边长 c length_c	256.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	45.896 Å
R 因子 r_factor	0.2172
R_work r_work	0.2147
R_free r_free	0.2629

Structure of human complement C4 rebuilt using iMDFF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C4-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jpn__assembly_1__model_1

5jpn__assembly_1__model_1 | I(q)

5jpn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of human complement C4 rebuilt using iMDFF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C4-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jpn__assembly_1__model_1

5jpn__assembly_1__model_1 | I(q)

5jpn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (2)