SAXSdb — 5jpo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor 1-gamma

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–218 链 B； UniProt 1–218 链 C； UniProt 1–218 链 D； UniProt 1–218	片段：UNP RESIDUES 1-218	Elongation factor 1-delta × 2 （P29692） GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；SOKALAN CP7, KCl, HEPES	分辨率 2.00 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5JPO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PBU Solution structure of the C-terminal domain of the human eEF1Bgamma subunit 提交 2003-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 276–437（162 aa）片段：C-terminal domain (residues 276-437)	突变：V289A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）75mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM eEF1Bgamma[276-437]U-15N,13C, 20mM Tris-HCl pH7.5, 75mM KCl, 1mM DTT, 0.02%NaN3 (w/v) \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM eEF1Bgamma[276-437]U-15N, 20mM Tris-HCl pH7.5, 75mM KCl, 1mM DTT, 0.02%NaN3 (w/v) \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
5DQS Complex structure of human elongation factor 1B alpha and gamma GST-like domains 提交 2015-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–218（217 aa）片段：UNP RESIDUES 2-218	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；glycerol ethoxylate	分辨率 2.10 Å R-free 0.242

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EF1G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–220； UniProt 1–218 作者链 B； PDB构建体 3–220； UniProt 1–218 作者链 C； PDB构建体 3–220； UniProt 1–218 作者链 D； PDB构建体 3–220； UniProt 1–218

Elongation factor 1-delta

Homo sapiens

UniProt P29692

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–30	片段：UNP RESIDUES 1-30	Elongation factor 1-gamma × 8 （P26641） GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；SOKALAN CP7, KCl, HEPES	分辨率 2.00 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5JPO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MVM Solution structure of eEF1Bdelta CAR domain 提交 2014-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 153–192（40 aa）片段：CAR domain (UNP residues 153-192)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.2-0.8 mM [U-13C; U-15N] eEF1Bdelta, 20 mM Tris, 200 mM sodium chloride, 0.01% DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MVN Solution structure of eEF1Bdelta CAR domain in TCTP-bound state 提交 2014-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 153–192（40 aa）片段：CAR domain (UNP residues 153-192)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.2-0.8 mM [U-13C; U-15N] eEF1Bdelta, 20 mM Tris, 200 mM sodium chloride, 0.01% DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N51 NMR structure of the C-terminal region of human eukaryotic elongation factor 1B 提交 2015-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 153–281（129 aa）片段：UNP RESIDUES 153-281	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] entity-1, 20 mM TRIS-2, 200 mM sodium chloride-3, 0.01 % w/v DSS-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EF1D_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–32； UniProt 1–30

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jpo
沉积日期 deposition_date	2016-05-04
结构标题 title	Complex structure of human elongation factor 1B gamma GST-liked domain and delta N-terminal domain
关键词 keywords	eEF1B, elongation factor 1B, Translation; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.37 Å
零角强度 I(0) i0	149587000.00
分子量 molecular_weight	100000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126270 Å³
包络体积 envelope_volume	153720 Å³
水化壳体积 shell_volume	41807 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.85 Å
包络 Rg envelope_rg	30.00 Å
形状 Rg shape_rg	30.34 Å
总 Rg total_rg	31.13 Å
总原子数 total_atoms	7069
残基数 n_residues	886
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	149600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.471
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.922

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor 1-gamma
分子量 formula_weight	24725.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7603

GAMAAGTLYTYPENWRAFKALIAAQYSGAQVRVLSAPPHFHFGQTNRTPEFLRKFPAGKVPAFEGDDGFCVFESNAIAYYVSNEELRGSTPEAAAQVVQWVSFADSDIVPPASTWVFPTLGIMHHNKQATENAKEEVRRILGLLDAYLKTRTFLVGERVTLADITVVCTLLWLYKQVLEPSFRQAFPNTNRWFLTCINQPQFRAVLGEVKLCEKMAQFDA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Elongation factor 1-delta
分子量 formula_weight	3979.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GAMATNFLAHEKIWFDKFKYDDAERRFYEQMN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	519

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5jpoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5jpoA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5jpoB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5jpoB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5jpoC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5jpoC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5jpoD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5jpoD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	115.499 Å
晶胞边长 b length_b	101.054 Å
晶胞边长 c length_c	93.732 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.998 Å
最低分辨率 resolution_low	44.358 Å
R 因子 r_factor	0.1693
R_work r_work	0.1683
R_free r_free	0.2026

fit	/app/data/saxs_computation/jp/5jpo/5jpo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jp/5jpo/5jpo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jp/5jpo/5jpo.dat

Complex structure of human elongation factor 1B gamma GST-liked domain and delta N-terminal domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor 1-gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Elongation factor 1-delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)