5jqu

Crystal structure of Cytochrome P450 BM3 heme domain G265F/T269V/L272W/L322I/F405M/A406S (WIVS-FM) variant with iron(III) deuteroporphyrin IX bound

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 163.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

Bacillus megaterium (strain ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512)

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–464 链 B; UniProt 2–464 链 C; UniProt 2–464 链 D; UniProt 2–464 链 E; UniProt 2–464 链 F; UniProt 2–464 链 G; UniProt 2–464 链 H; UniProt 2–464 片段:heme domain, residues 2-456 突变:G265F,T269V,L272W,L322I,F405M,A406S FDE FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;298 K;0.25 M MgCl2, 17% PEG3350 分辨率 2.16 Å R-free 0.334

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、311 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACMB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 B; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 C; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 D; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 E; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 F; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 G; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 H; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5jqu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5jqu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5jqu
沉积日期 deposition_date2016-05-05
结构标题 titleCrystal structure of Cytochrome P450 BM3 heme domain G265F/T269V/L272W/L322I/F405M/A406S (WIVS-FM) variant with iron(III) deuteroporphyrin IX bound
关键词 keywordsP450 BM3, iron(III) deuteroporphyrin IX, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.57
零角强度 I(0) i02268710000.00
分子量 molecular_weight406850.0 kDa
排除体积 excluded_volume511770 ų
包络体积 envelope_volume706570 ų
水化壳体积 shell_volume113460 ų
包络直径 envelope_diameter170.3
壳层 Rg shell_rg57.40
包络 Rg envelope_rg48.94
形状 Rg shape_rg50.56
总 Rg total_rg50.83
总原子数 total_atoms28704
残基数 n_residues3619
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax163.2
Rg (实空间) rg_real50.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.74
I(0) (实空间) i0_real2.2690e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2270000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8815
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary68.4
偏度 Skewness skewness0.132
峰度 Kurtosis kurtosis-0.433
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha293000000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.850

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd5jqua_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5jqub_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5jquc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5jqud_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5jque_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5jquf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5jqug_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5jquh_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5jquA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5jquB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5jquC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5jquD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5jquE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5jquF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5jquG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5jquH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)