5jru

Crystal structure of Fe(II) unliganded H-NOX protein from C. subterraneus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-accepting chemotaxis protein

Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8RBX6_CALS4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 B； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 C； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 D； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 E； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 F； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jru
沉积日期 deposition_date	2016-05-06
结构标题 title	Crystal structure of Fe(II) unliganded H-NOX protein from C. subterraneus
关键词 keywords	Heme-based methyl-accepting chemotaxis protein Gas binding Signaling protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jru__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jru__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.56 Å
Rg（电子密度）	27.24 Å
总 Rg	27.96 Å
原子数	4728
残基数	558
排除体积	85197 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jru__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5jru__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methyl-accepting chemotaxis protein
分子量 formula_weight	22047.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	9879

MKGTIVGTWIKTLRDLYGNDVVDESLKSVGWEPDRVITPLEDIDDDEVRRIFAKVSEKTGKNVNEIWREVGRQNIKTFSEWFPSYFAGRRLVNFLMMMDEVHLQLTKMIKGATPPRLIAKPVAKDAIEMEYVSKRKMYDYFLGLIEGSSKFFKEEISVEEVERGEKDGFSRLKVRIKFKNPVFEYKKN

来源 Source

来源生物 organism	Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273068
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	435

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5jrua_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.1 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	d5jrub_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.1 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	d5jruc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.1 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	d5jrud_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.1 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	d5jrue_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.1 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	d5jruf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.1 — H-NOX domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5jruA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1520 — H-NOX domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	5jruB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1520 — H-NOX domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	5jruC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1520 — H-NOX domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	5jruD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1520 — H-NOX domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	5jruE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1520 — H-NOX domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	5jruF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1520 — H-NOX domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — H-NOX domain

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晶胞边长 a length_a	86.264 Å
晶胞边长 b length_b	70.446 Å
晶胞边长 c length_c	108.419 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.305 Å
最低分辨率 resolution_low	44.919 Å
R 因子 r_factor	0.1938
R_work r_work	0.1916
R_free r_free	0.2544

Crystal structure of Fe(II) unliganded H-NOX protein from C. subterraneus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-accepting chemotaxis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jru__assembly_1__model_1

5jru__assembly_1__model_1 | I(q)

5jru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Fe(II) unliganded H-NOX protein from C. subterraneus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-accepting chemotaxis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jru__assembly_1__model_1

5jru__assembly_1__model_1 | I(q)

5jru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)