5jtw

Crystal structure of complement C4b re-refined using iMDFF

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C4-A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO4A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–656； UniProt 20–675 作者链 D； PDB构建体 1–656； UniProt 20–675 作者链 B； PDB构建体 1–690； UniProt 757–1446 作者链 E； PDB构建体 1–690； UniProt 757–1446 作者链 C； PDB构建体 1–291； UniProt 1454–1744 作者链 F； PDB构建体 1–291； UniProt 1454–1744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jtw
沉积日期 deposition_date	2016-05-09
结构标题 title	Crystal structure of complement C4b re-refined using iMDFF
关键词 keywords	innate immune system, complement, active form, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jtw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jtw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jtw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.03 Å
Rg（电子密度）	45.93 Å
总 Rg	46.09 Å
原子数	12156
残基数	1564
排除体积	216210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jtw__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5jtw__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement C4-A
分子量 formula_weight	71761.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	24312

KPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRNPSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDSLSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVENSHGLRVRKKEVYMPSSIFQDDFVIPDISEPGTWKISARFSDGLESNSSTQFEVKKYVLPNFEVKITPGKPYILTVPGHLDEMQLDIQARYIYGKPVQGVAYVRFGLLDEDGKKTFFRGLESQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLRLYVAAAIIESPGGEMEEAELTSWYFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSPASGIPVKVSATVSSPGSVPEVQDIQQNTDGSGQVSIPIIIPQTISELQLSVSAGSPHPAIARLTVAAPPSGGPGFLSIERPDSRPPRVGDTLNLNLRAVGSGATFSHYYYMILSRGQIVFMNREPKRTLTSVSVFVDHHLAPSFYFVAFYYHGDHPVANSLRVDVQAGACEGKLELSVDGAKQYRNGESVKLHLETDSLALVALGALDTALYAAGSKSHKPLNMGKVFEAMNSYDLGCGPGGGDSALQVFQAAGLAFSDGDQWTLSRKRLSCPKEKTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Complement C4-A
分子量 formula_weight	75508.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

ALEILQEEDLIDEDDIPVRSFFPENWLWRVETVDRFQILTLWLPDSLTTWEIHGLSLSKTKGLCVATPVQLRVFREFHLHLRLPMSVRRFEQLELRPVLYNYLDKNLTVSVHVSPVEGLCLAGGGGLAQQVLVPAGSARPVAFSVVPTAAAAVSLKVVARGSFEFPVGDAVSKVLQIEKEGAIHREELVYELNPLDHRGRTLEIPGNSDPNMIPDGDFNSYVRVTASDPLDTLGSEGALSPGGVASLLRLPRGCGEQTMIYLAPTLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRDSSTWLTAFVLKVLSLAQEQVGGSPEKLQETSNWLLSQQQADGSFQDPCPVLDRSMQGGLVGNDETVALTAFVTIALHHGLAVFQDEGAEPLKQRVEASISKANSFLGEKASAGLLGAHAAAITAYALSLTKAPVDLLGVAHNNLMAMAQETGDNLYWGSVTGSQSNAVSPTPAPRNPSDPMPQAPALWIETTAYALLHLLLHEGKAEMADQASAWLTRQGSFQGGFRSTQDTVIALDALSAYWIASHTTEERGLNVTLSSTGRNGFKSHALQLNNRQIRGLEEELQFSLGSKINVKVGGNSKGTLKVLRTYNVLDMKNTTCQDLQIEVTVKGHVEYTMEANEDYEDYEYDELPAKDDPDAPLQPVTPLQLFEG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Complement C4-A
分子量 formula_weight	33115.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

EAPKVVEEQESRVHYTVCIWRNGKVGLSGMAIADVTLLSGFHALRADLEKLTSLSDRYVSHFETEGPHVLLYFDSVPTSRECVGFEAVQEVPVGLVQPASATLYDYYNPERRCSVFYGAPSKSRLLATLCSAEVCQCAEGKCPRQRRALERGLQDEDGYRMKFACYYPRVEYGFQVKVLREDSRAAFRLFETKITQVLHFTKDVKAAANQMRNFLVRASCRLRLEPGKEYLIMGLDGATYDLEGHPQYLLDSNSWIEEMPSERLCRSTRQRAACAQLNDFLQEYGTQGCQV

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	5jtwA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jtwA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jtwA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1940 —

结构域编号 domain_id	5jtwA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5jtwA05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jtwA06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	5jtwB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	130 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5jtwB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5jtwB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1540 —

结构域编号 domain_id	5jtwB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5jtwD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jtwD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jtwD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1940 —

结构域编号 domain_id	5jtwD04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5jtwD05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	5jtwD06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	5jtwE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	130 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5jtwE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5jtwE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1540 —

结构域编号 domain_id	5jtwE04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

晶胞边长 a length_a	121.500 Å
晶胞边长 b length_b	161.080 Å
晶胞边长 c length_c	131.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.376 Å
R 因子 r_factor	0.2495
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2935

Crystal structure of complement C4b re-refined using iMDFF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C4-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jtw__assembly_1__model_1

5jtw__assembly_1__model_1 | I(q)

5jtw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of complement C4b re-refined using iMDFF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C4-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jtw__assembly_1__model_1

5jtw__assembly_1__model_1 | I(q)

5jtw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (2)