SAXSdb — 5jwq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein kinase KaiC

Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Circadian clock protein KaiB × 6 （Q79V61） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAIC_THEEB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–526； UniProt 1–518 作者链 C； PDB构建体 9–526； UniProt 1–518

Circadian clock protein KaiB

Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)

UniProt Q79V61

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Circadian clock protein kinase KaiC × 6 （Q79V60） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAIB_THEEB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jwq
沉积日期 deposition_date	2016-05-12
结构标题 title	Crystal structure of KaiC S431E in complex with foldswitch-stabilized KaiB from Thermosynechococcus elongatus
关键词 keywords	Transcription Regulator, foldswitch; Transcription Regulator
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jwq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jwq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.73 Å
Rg（电子密度）	43.96 Å
总 Rg	44.42 Å
原子数	22071
残基数	2994
排除体积	391580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jwq__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Circadian clock protein kinase KaiC
分子量 formula_weight	58641.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	S431E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7357

DYKDDDDKMTNLPEHQSSPTEQSSAEVKKIPTMIEGFDDISHGGLPQGRTTLVSGTSGTGKTLFAVQFLYNGITIFNEPGIFVTFEESPQDIIKNALSFGWNLQSLIDQGKLFILDASPDPDGQEVAGDFDLSALIERIQYAIRKYKATRVSIDSVTAVFQQYDAASVVRREIFRLAFRLKQLGVTTIMTTERVDEYGPVARFGVEEFVSDNVVILRNVLEGERRRRTVEILKLRGTTHMKGEYPFTINNGINIFPLGAMRLTQRSSNVRVSSGVKTLDEMCGGGFFKDSIILATGATGTGKTLLVSKFLETGCQQGERALLFAYEESRAQLSRNASSWGIDFEELERRGLLRIICAYPESAGLEDHLQIIKSEIADFKPSRVAIDSLSALARGVSNNAFRQFVIGVTGFAKQEEITGFFTNTTDQFMGSNSITESHIETITDTILLLQYVEIRGEMSRAINVFKMRGSWHDKGIREYVITEKGAEIRDSFRNFEGIISGTPTRISVDEKTELARIAKGMQDLESE

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Circadian clock protein KaiB
分子量 formula_weight	10842.8 kDa
突变 mutation	Y8A, Y94A, I88A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAPLRKTAVLKLYVAGNTPNSVRALKTLNNILEKEFKGVYALKVIDVLKNPQLAEEDKILATPTLAKVLPPPVRRIIGDLSNREKVLAGLDLLAEEIGD

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5jwqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5jwqD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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晶胞边长 a length_a	155.920 Å
晶胞边长 b length_b	155.920 Å
晶胞边长 c length_c	155.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.871 Å
最低分辨率 resolution_low	90.020 Å
R 因子 r_factor	0.3283
R_work r_work	0.3266
R_free r_free	0.3452

Crystal structure of KaiC S431E in complex with foldswitch-stabilized KaiB from Thermosynechococcus elongatus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein kinase KaiC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Circadian clock protein KaiB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jwq__assembly_1__model_1

5jwq__assembly_1__model_1 | I(q)

5jwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of KaiC S431E in complex with foldswitch-stabilized KaiB from Thermosynechococcus elongatus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein kinase KaiC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Circadian clock protein KaiB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jwq__assembly_1__model_1

5jwq__assembly_1__model_1 | I(q)

5jwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)