5k09

Crystal Structure of COMT in complex with a thiazole ligand

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catechol O-methyltransferase

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
13	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
14	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
15	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
16	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
17	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
18	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
19	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
20	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
21	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
22	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
23	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
24	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole × 1 POTASSIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COMT_RAT
Isoform	P22734-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 B； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 C； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 D； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 E； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 F； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 G； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 H； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 I； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 J； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 K； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 L； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 M； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 N； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 O； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 P； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 Q； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 R； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 S； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 T； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 U； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 V； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 W； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217 作者链 X； PDB构建体 1–216； UniProt 2–217

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5k09
沉积日期 deposition_date	2016-05-17
结构标题 title	Crystal Structure of COMT in complex with a thiazole ligand
关键词 keywords	METHYLTRANSFERASE, NEUROTRANSMITTER DEGRADATION, CATECHOL, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5k09__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5k09__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5k09__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.25 Å
Rg（电子密度）	17.00 Å
总 Rg	18.01 Å
原子数	1717
残基数	216
排除体积	30840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5k09__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5k09__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5k09__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5k09__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5k09__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5k09__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`5k09__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`5k09__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`5k09__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`5k09__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`5k09__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`5k09__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`5k09__assembly_13__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`5k09__assembly_14__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
15	1	`5k09__assembly_15__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
16	1	`5k09__assembly_16__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
17	1	`5k09__assembly_17__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
18	1	`5k09__assembly_18__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
19	1	`5k09__assembly_19__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
20	1	`5k09__assembly_20__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
21	1	`5k09__assembly_21__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
22	1	`5k09__assembly_22__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
23	1	`5k09__assembly_23__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
24	1	`5k09__assembly_24__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Catechol O-methyltransferase
分子量 formula_weight	24249.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X
原子数 atom_count	41639

GDTKEQRILRYVQQNAKPGDPQSVLEAIDTYCTQKEWAMNVGDAKGQIMDAVIREYSPSLVLELGAYCGYSAVRMARLLQPGARLLTMEINPDCAAITQQMLNFAGLQDKVTILNGASQDLIPQLKKKYDVDTLDMVFLDHWKDRYLPDTLLLEECGLLRKGTVLLADNVIVPGTPDFLAYVRGSSSFECTHYSSYLEYMKVVDGLEKAIYQGPSSD

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-{3-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}-2,4-dimethyl-1,3-thiazole
分子量 formula_weight	299.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	58

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	535

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 51 domains

SCOP 2.08 (27 domains)

结构域编号 domain_id	d5k09a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5k09b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09g1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09g2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5k09h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09i_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09j_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09k_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09l_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09m_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09n_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09o_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09p_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09q_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09r1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09r2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5k09s_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09t_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09u_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09v_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09w_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k09x_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	5k09A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09M00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09N00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09O00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09P00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09Q00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09R00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09S00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09T00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09U00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09V00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09W00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k09X00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

▶

晶胞边长 a length_a	84.035 Å
晶胞边长 b length_b	138.418 Å
晶胞边长 c length_c	158.501 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	91.48 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.16 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.836 Å
R 因子 r_factor	0.1683
R_work r_work	0.1647
R_free r_free	0.2356

Crystal Structure of COMT in complex with a thiazole ligand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catechol O-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5k09__assembly_3__model_1

5k09__assembly_3__model_1 | I(q)

5k09__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 51 domains

SCOP 2.08 (27 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of COMT in complex with a thiazole ligand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catechol O-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5k09__assembly_3__model_1

5k09__assembly_3__model_1 | I(q)

5k09__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 51 domains

SCOP 2.08 (27 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)