5k0b

Crystal Structure of COMT in complex with 2,4-dimethyl-5-[3-(1-phenylethyl)-1H-pyrazol-5-yl]-1,3-thiazole

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catechol O-methyltransferase

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole × 1 PHOSPHATE ION × 3 POTASSIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole × 1 PHOSPHATE ION × 4 POTASSIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole × 1 PHOSPHATE ION × 2 POTASSIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole × 1 PHOSPHATE ION × 1 POTASSIUM ION × 1 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole × 1 PHOSPHATE ION × 1 POTASSIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 2 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole × 1 PHOSPHATE ION × 1 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole × 1 PHOSPHATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole × 1 PHOSPHATE ION × 2 POTASSIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COMT_RAT
Isoform	P22734-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 B； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 C； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 D； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 E； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 F； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 G； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 H； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5k0b
沉积日期 deposition_date	2016-05-17
结构标题 title	Crystal Structure of COMT in complex with 2,4-dimethyl-5-[3-(1-phenylethyl)-1H-pyrazol-5-yl]-1,3-thiazole
关键词 keywords	METHYLTRANSFERASE, NEUROTRANSMITTER DEGRADATION, CATECHOL, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5k0b__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5k0b__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5k0b__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.36 Å
Rg（电子密度）	18.43 Å
总 Rg	19.33 Å
原子数	1714
残基数	214
排除体积	30586 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5k0b__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5k0b__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5k0b__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5k0b__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5k0b__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5k0b__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`5k0b__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`5k0b__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Catechol O-methyltransferase
分子量 formula_weight	24318.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	14551

GDTKEQRILRYVQQNAKPGDPQSVLEAIDTYCTQKEWAMNVGDAKGQIMDAVIREYSPSLVLELGAYCGYSAVRMARLLQPGARLLTMEINPDCAAITQQMLNFAGLQDKVTILNGASQDLIPQLKKKYDVDTLDMVFLDHWKDRYLPDTLLLEECGLLRKGTVLLADNVIVPGTPDFLAYVRGSSSFECTHYSSYLEYMKVVDGLEKAIYQGPSSPS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole
分子量 formula_weight	283.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID
分子量 formula_weight	221.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	689

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d5k0ba_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k0bb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k0bc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k0bd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k0bd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5k0be_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k0bf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k0bg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

结构域编号 domain_id	d5k0bh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.1 — COMT-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5k0bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k0bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k0bC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k0bD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k0bE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k0bF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k0bG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5k0bH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	222.095 Å
晶胞边长 b length_b	222.095 Å
晶胞边长 c length_c	123.085 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	48.085 Å
R 因子 r_factor	0.1567
R_work r_work	0.1547
R_free r_free	0.1950

Crystal Structure of COMT in complex with 2,4-dimethyl-5-[3-(1-phenylethyl)-1H-pyrazol-5-yl]-1,3-thiazole

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catechol O-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5k0b__assembly_7__model_1

5k0b__assembly_7__model_1 | I(q)

5k0b__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of COMT in complex with 2,4-dimethyl-5-[3-(1-phenylethyl)-1H-pyrazol-5-yl]-1,3-thiazole

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catechol O-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5k0b__assembly_7__model_1

5k0b__assembly_7__model_1 | I(q)

5k0b__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)