5k0n

Crystal Structure of COMT in complex with 4-[5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-1H-pyrazol-3-yl]-1,3-dimethylpyrazole

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catechol O-methyltransferase

Rattus norvegicus

UniProt P22734

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–221 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 6P0 5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-1',3'-dimethyl-1'H,2H-3,4'-bipyrazole × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.1 M TRIS-HCL pH 7, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl 分辨率 1.99 Å R-free 0.233
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–221 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 6P0 5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-1',3'-dimethyl-1'H,2H-3,4'-bipyrazole × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.1 M TRIS-HCL pH 7, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl 分辨率 1.99 Å R-free 0.233
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–221 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 6P0 5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-1',3'-dimethyl-1'H,2H-3,4'-bipyrazole × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.1 M TRIS-HCL pH 7, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl 分辨率 1.99 Å R-free 0.233
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–221 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 6P0 5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-1',3'-dimethyl-1'H,2H-3,4'-bipyrazole × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.1 M TRIS-HCL pH 7, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl 分辨率 1.99 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、157 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COMT_RAT
Isoform P22734-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–220; UniProt 2–221 作者链 B; PDB构建体 1–220; UniProt 2–221 作者链 C; PDB构建体 1–220; UniProt 2–221 作者链 D; PDB构建体 1–220; UniProt 2–221

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5k0n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5k0n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5k0n
沉积日期 deposition_date2016-05-17
结构标题 titleCrystal Structure of COMT in complex with 4-[5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-1H-pyrazol-3-yl]-1,3-dimethylpyrazole
关键词 keywordsMETHYLTRANSFERASE, NEUROTRANSMITTER DEGRADATION, CATECHOL, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.74
零角强度 I(0) i0156602000.00
分子量 molecular_weight100920.0 kDa
排除体积 excluded_volume127040 ų
包络体积 envelope_volume156980 ų
水化壳体积 shell_volume42212 ų
包络直径 envelope_diameter107.0
壳层 Rg shell_rg38.30
包络 Rg envelope_rg29.66
形状 Rg shape_rg29.74
总 Rg total_rg30.52
总原子数 total_atoms7062
残基数 n_residues880
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.4
Rg (实空间) rg_real30.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real1.5660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal156600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8222
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary40.8
偏度 Skewness skewness0.062
峰度 Kurtosis kurtosis-0.578
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66890000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5k0na_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.1 — COMT-like
结构域编号 domain_idd5k0nb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.1 — COMT-like
结构域编号 domain_idd5k0nc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.1 — COMT-like
结构域编号 domain_idd5k0nd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.1 — COMT-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5k0nA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id5k0nB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id5k0nC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id5k0nD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)